Отец, Александр Иванович (1754—1819), и мать, Авдотья Матвеевна (в девичестве Шахторина;
1785—1851), Гончаровы принадлежали к купеческому сословию.
Когда Гончарову было всего семь лет, умер его отец. В последующей судьбе мальчика, в его духовном развитии важную роль сыграл его крёстный отец Николай Николаевич Трегубов.
Первоначальное образование Гончаров получил дома, под началом Трегубова, затем в частном пансионе. В десять лет был отправлен в Москву для обучения в коммерческом училище
В 1830 году по просьбе матери он был исключён из списка пансионеров. Ещё в детстве возникшая страсть к сочинительству, интерес к гуманитарным наукам, особенно к художественной словесности, — всё это укрепило в нём мысль завершить своё образование на словесном факультете Московского университета. Через год, в августе 1831 года, после успешной сдачи экзаменов он был туда зачислен.