Генетика бактерий. Экспрессия генетической информации у бактерий

Содержание

Слайд 2

Геном бактерий Геном – совокупность всех генов бактерий; Бактерии – гаплоидные

Геном бактерий

Геном – совокупность всех генов бактерий;
Бактерии – гаплоидные организмы, имеют

один набор генов;
Размер определяется количеством нуклеотидных пар оснований (н.п.о.);
Размер генома E.coli - 3,8•106 н.п.о.
Слайд 3

Организация генетического аппарата бактерий Нуклеоид - одна двунитевая молекула ДНК кольцевой

Организация генетического аппарата бактерий

Нуклеоид - одна двунитевая молекула ДНК кольцевой формы;
Содержание

ДНК непостоянно, может соответствовать 2,4,6,8 хромосомам;
Внехромосомные генетические элементы – плазмиды, транспозоны, вставочные последовательности, умеренные бактериофаги.
Слайд 4

Нуклеоид содержит информацию необходимую для обеспечения основных процессов жизнедеятельности - кодирует

Нуклеоид

содержит информацию необходимую для обеспечения основных процессов жизнедеятельности - кодирует синтез

ферментов, участвующих в пластическом и энергетическом метаболизме.
Слайд 5

Организация нуклеоида кольцевая молекула ДНК; длина 1,6 мм, диаметр 1 мкм;

Организация нуклеоида

кольцевая молекула ДНК;
длина 1,6 мм, диаметр 1 мкм;
суперскрученное состояние обеспечивается

топоизомеразой;
петли образуют домены, удерживаются РНК (тРНК, иРНК);
Слайд 6

Общая характеристика генома бактерий структурные гены – кодирующие области – 85%

Общая характеристика генома бактерий

структурные гены – кодирующие области – 85% последовательностей

ДНК бактерий;
регуляторные области;
некодирующие последовательности – 10% генома – мигрирующие элементы, сайты рекомбинации, регуляторы транскрипции.
Слайд 7

Оперонная организация бактериальных генов Оперон – группа структурных генов (кодируют признаки),

Оперонная организация бактериальных генов

Оперон – группа структурных генов (кодируют признаки), находящихся

под общим контролем;
В состав оперона входит промотор и оператор;
Промотор – участок ДНК, с которым связывается РНК-полимераза;
Оператор – участок ДНК, с которым связывается регуляторный белок;
Терминатор транскрипции.

Франсуа Жакоб

Жак Люсьен Моно

Слайд 8

Внехромосомные генетические элементы - плазмиды, транспозоны, вставочные последовательности Различаются по молекулярной

Внехромосомные генетические элементы - плазмиды, транспозоны, вставочные последовательности

Различаются по молекулярной массе,

объему закодированной информации, способности к самостоятельной репликации;
Выполняют кодирующие и (или) регуляторные функции;
Кодируют дополнительную генетическую информацию, обеспечивающую бактериальным клеткам селективные преимущества.
Слайд 9

Плазмиды автономно реплицирующиеся двухцепочечные молекулы ДНК

Плазмиды

автономно реплицирующиеся двухцепочечные молекулы ДНК

Слайд 10

Классификация плазмид по свойствам F – плазмиды; R – плазмиды; Col

Классификация плазмид по свойствам

F – плазмиды;
R – плазмиды;
Col – плазмиды;
Ent –

плазмиды;
Hly – плазмиды;
Биодеградативные плазмиды;
Слайд 11

Классификация плазмид по способу межклеточной передачи Конъюгативные (трансмиссивные) – осуществляют собственный

Классификация плазмид по способу межклеточной передачи

Конъюгативные (трансмиссивные) – осуществляют собственный перенос

путем конъюгации. Содержат tra-опероны – гены ответственные за перенос;
Неконъюгативные (мобилизуемые) – передаются путем трансдукции, трансформации или с помощью конъюгативных плзмид.
Слайд 12

Классификация плазмид по совместимости Несовместимость – родственные плазмиды, обладающие высоким сходством

Классификация плазмид по совместимости

Несовместимость – родственные плазмиды, обладающие высоким сходством репликонов

неспособны существовать в одной клетке;
Несовместимые друг с другом, но совместимые с другими собраны в inc-группы (англ. Incompatibility - несовместимые);
Плазмиды одной inc-группы обладают общими признаками: молекулярная масса, высокая степень гомологии, синтез морфологически сходных и серологически родственных донорных ворсинок.
Слайд 13

Значение плазмид обусловливают гетерогенность микробных популяций; контролируют обмен генетическим материалом; контролируют

Значение плазмид

обусловливают гетерогенность микробных популяций;
контролируют обмен генетическим материалом;
контролируют синтез факторов (в

том числе патогенности), обеспечивающих сохранение видов бактерий в природе;
биологическое средство самозащиты бактерий (приобретение и наследование устойчивости к лекарственным препаратам).
Слайд 14

Транспозоны (Tn)- мобильные генетические элементы Фрагменты ДНК, состоящие из генов, кодирующих

Транспозоны (Tn)- мобильные генетические элементы

Фрагменты ДНК, состоящие из генов, кодирующих транспозицию

(перемещение) и признаки;
Способны мигрировать по хромосоме, из хромосомы в плазмиды, ДНК умеренных фагов;
Реплицируются только в составе хромосомы;
Выполняют регуляторную и кодирующую функции.

прямые повторы

Слайд 15

Вставочные последовательности (IS-элементы) Фрагменты ДНК, несущие только гены, кодирующие собственное перемещение

Вставочные последовательности (IS-элементы)

Фрагменты ДНК, несущие только гены, кодирующие собственное перемещение (транспозицию)

- фермент транспозазу и репрессор;
Гены по флангам окружены инвертированными повторами;
Способны перемещаться только по хромосоме.

ИНВЕРТИРОВАННЫЕ ПОВТОРЫ

Слайд 16

Функции IS-элементов Координируют взаимодействие мобильных генетических элементов между собой и бактериальной

Функции IS-элементов

Координируют взаимодействие мобильных генетических элементов между собой и бактериальной

хромосомой;
Регулируют экспрессию структурных генов;
Индуцируют мутации.
Слайд 17

«Островки» патогенности –фрагменты ДНК, кодирующие факторы болезнетворности Обнаружены в геноме болезнетворных

«Островки» патогенности –фрагменты ДНК, кодирующие факторы болезнетворности

Обнаружены в геноме болезнетворных бактерий;
Располагаются

отдельными кластерами в хромосомах, плазмидах и умеренных фагах;
Связаны между собой топографически и функционально;
Отличаются высокой степенью чужеродности по процентному содержанию нуклеотидов гуанина и цитозина (G+C);
Отличаются нестабильностью.
Слайд 18

Структура «островков» патогенности Содержат мобильные элементы (IS), гены подвижности (интегразу, транспозазу),

Структура «островков» патогенности

Содержат мобильные элементы (IS), гены подвижности (интегразу, транспозазу), гены

вирулентности (V1-V4);
По обоим концам имеются прямые повторы (DR) (распознаются ферментами и вырезаются);
Располагаются вблизи генов тРНК.
Слайд 19

Передача генетической информации у бактерий по вертикали (по наследству) – обеспечивает

Передача генетической информации у бактерий

по вертикали (по наследству) – обеспечивает передачу

всех генов исходной особи и стабильность генома;
Слайд 20

Передача генетической информации у бактерий по горизонтали – способствует возникновению новых

Передача генетической информации у бактерий

по горизонтали – способствует возникновению новых

признаков – изменчивости;
основной механизм видообразования у бактерий (реализуется посредством процессов конъюгации, трансдукции, трансформации).
Слайд 21

Конъюгация - перенос генетического материала посредством конъюгативных пилей хеликаза осуществляет разрывы

Конъюгация - перенос генетического материала посредством конъюгативных пилей

хеликаза осуществляет разрывы водородных

связей в двухцепочечной ДНК;
эндонуклеаза узнает участок oriT и осуществляет однонитевой разрыв ДНК, начинается репликация;
F-плазмида может быть трансмиссивной и интегративной.

определяется наличием F-плазмиды (содержит tra-оперон);
tra-оперон кодирует гены переноса, синтез половых пилей, ферментов хеликазы и эндонуклеазы;

Слайд 22

Трансмиссивная F-плазмида находится в клетке в автономном состоянии; при участии хеликазы

Трансмиссивная F-плазмида

находится в клетке в автономном состоянии;
при участии хеликазы и эндонуклеазы

образуется однонитевая ДНК;
нить ДНК переносится в реципиентную клетку по принципу катящегося кольца;
в обеих клетках по матрице одной нити ДНК комплементарно восстанавливается двунитевая структура.

передача плазмиды осуществляется в течении нескольких минут, в результате реципиент приобретает донорские свойства

Слайд 23

Интегративная F-плазмида F-плазмида и хромосома бактериальной клетки вместе образуют единый трансмиссивный

Интегративная F-плазмида

F-плазмида и хромосома бактериальной клетки вместе образуют единый трансмиссивный репликон;
клетки

со встроенной F-плазмидой называют Hfr-доноры  (англ. high frequency of recombination), т.к. они с высокой частотой переносят свои гены бесплазмидным клеткам;
ДНК расщепляется в месте интеграции F-плазмиды, одна нить передается реципиенту;
сначала передается часть плазмидной ДНК от oriT, затем хромосомная ДНК;
хрупкость конъюгативного мостика приводит к спонтанным разрывам, переносится только фрагмент хромосомной ДНК.

процесс длится около 90 мин, рекомбинант донорские свойства, как правило, не приобретает

Слайд 24

Трансформация поглощение фрагментов ДНК и включение в хромосому бактерии реципиента; ДНК

Трансформация

поглощение фрагментов ДНК и включение в хромосому бактерии реципиента;
ДНК должна быть

двунитевой;
длина фрагмента должна составлять 1-2% длины хромосомы;
реципиенты должны быть компетентными (конец лог-фазы);
фактор компетентности связывается с рецепторами КС → синтез аутолизина, ДНК-связывающего белка, эндонуклеазы I.

– поглощение бактерией-реципиентом фрагментов ДНК бактерии-донора из внешней среды (Гриффит 1928, Эйвери 1944)

Слайд 25

Механизм трансформации Аутолизин разрушает КС, обнажает ДНК-связывающий белок и эндонуклеазу I;

Механизм трансформации

Аутолизин разрушает КС, обнажает ДНК-связывающий белок и эндонуклеазу I;
ДНК-связывающий белок

абсорбирует фрагменты донорной ДНК (22-45 тпо);
эндонуклеазаI на определенном расстоянии на фрагментах ДНК (6 тпо) делает одноцепочечные разрывы;
одна цепь ДНК деградирует;
фрагменты ДНК проникают в клетку и связываются с белком, защищающим их от деградации;
интеграция в хромосому реципиента.
Слайд 26

Трансдукция передача генетического материала от одной бактерии другой посредством бактериофага общая

Трансдукция

передача генетического материала от одной бактерии другой посредством бактериофага

общая

(неспецифическая) - перенос бактериофагом любого гена бактериальной хромосомы. Осуществляется плазмидоподобными фагами РI или умеренными неспецифическими фагами (Mu), способными встраиваться в любое место бактериальной хромосомы;

абортивная – принесенный фагом фрагмент ДНК бактерии не включается в хромосому реципиента;
специфическая - фаговая ДНК интегрирует в хромосому бактерии с образованием профага. При исключении ДНК фага из бактериальной хромосомы захватывается прилегающий к месту включения фаговой ДНК фрагмент бактериальной хромосомы.

Слайд 27

Экспрессия генетической информации у бактерий

Экспрессия генетической информации у бактерий

Слайд 28

Бактерии – универсальные существа Отдельная бактериальная клетка – полноценный самодостаточный организм;

Бактерии – универсальные существа

Отдельная бактериальная клетка – полноценный самодостаточный организм;
Клетки

многоклеточных входят в состав специализированных тканей и выполняют строго определенные функции.
Слайд 29

Парадокс бактериальной клетки Высокая метаболическая активность (правило Рубнера); Высокая ферментативная насыщенность

Парадокс бактериальной клетки

Высокая метаболическая активность (правило Рубнера);
Высокая ферментативная насыщенность (до 109-1012

реакций в минуту);
Бактерии способны использовать в качестве энергетических субстратов и источников пластического материала разнообразные вещества;
Пластичность метаболизма обеспечивает высокую выживаемость и приспособляемость;
В первую очередь утилизации подвергаются легко усвояемые субстраты.

Размер бактерий в среднем составляет 0,5—5 мкм;
Геном бактерий представлен 4 100 генов.

Слайд 30

Быстрая адаптация к изменяющимся условиям среды - необходимое условие выживания Бактерии

Быстрая адаптация к изменяющимся условиям среды - необходимое условие выживания

Бактерии должны

иметь все ферменты, необходимые в разных условиях существования;
Информация о синтезе ферментов закодирована в геноме;
Ферменты: конститутивные, индуцируемые, репрессируемые;
Механизмы «включения» и «выключения» генов обеспечивает экономный расход энергии и пластического материала.
Слайд 31

Бактерии нуждаются в получении информации о своем окружении Способы получения информации

Бактерии нуждаются в получении информации о своем окружении

Способы получения информации бактериями:
непосредственный

контакт при конъюгации с другими бактериями;
дистантное взаимодействие (носителями информации являются УФ, электромагнитные волны светового и инфракрасного диапазонов);
физико-химические сигналы.
Слайд 32

Внешние сигналы определяют экспрессию генов Сигналы распознаются и преобразуются; Передаются генетическим

Внешние сигналы определяют экспрессию генов

Сигналы распознаются и преобразуются;
Передаются генетическим структурам;
Эта

информация реализуется на уровне генов, путем их экспрессии или инактивации.
Слайд 33

Регуляторы экспрессии генетической информации двухкомпонентные сигнальные системы. Широко распространенны среди прокариотических

Регуляторы экспрессии генетической информации

двухкомпонентные сигнальные системы. Широко распространенны среди прокариотических организмов.

Сенсорная киназа– ключевой компонент системы;
σ-фактор участвует в формировании РНК-полимеразы и распознает промотор на ДНК, с которого начинается процесс транскрипции;
белки глобальные регуляторы выполняют роль общего регулятора экспрессии генов (белок активатор катаболитных оперонов – БАК). Контролируют экспрессию многочисленных разрозненных генов и оперонов.
Слайд 34

Уровни регуляции метаболизма На уровне транскрипции (путь от ДНК к РНК);

Уровни регуляции метаболизма

На уровне транскрипции (путь от ДНК к РНК);
Регуляция

на начальных этапах экспрессии самый эффективный способ экономии ресурсов (посредством промоторов, регуляторных белков, белков глобальной регуляции);
Наиболее часто используется бактериальной клеткой;
На уровне трансляции (от РНК к белку).
Слайд 35

Регуляторы экспрессии оперонов Регуляторные белки Продукты генов-регуляторов Связываются с участком ДНК

Регуляторы экспрессии оперонов

Регуляторные белки
Продукты генов-регуляторов
Связываются с участком ДНК -оператором;
Осуществляют позитивный или

негативный контроль

Эффекторы
не способны связываться с ДНК
(субстраты, продукты конечного синтеза, цАМФ)
Индукторы (опероны индуцибельные);
Корепрессоры (опероны репрессибельные)

Слайд 36

Эффекты связывания регуляторного белка с оператором Негативный контроль регуляторный белок препятствует

Эффекты связывания регуляторного белка с оператором

Негативный контроль регуляторный белок препятствует транскрипции
Фермент

не синтезируется

Позитивный контроль регуляторный белок обеспечивает транскрипцию структурных генов
Синтез фермента

Слайд 37

Индуцибельные опероны Катаболитные опероны; Цель регуляции – включить синтез ферментов, которые

Индуцибельные опероны

Катаболитные опероны;
Цель регуляции – включить синтез ферментов, которые ранее не

требовались;
Оперон «включается» в присутствии молекул индуктора;
Лактозный оперон - пример оперона, работа которого находится под негативным контролем;
Арабинозный оперон – находится под позитивным контролем регуляции.
Слайд 38

Катаболитная репрессия Если в среде присутствует несколько субстратов (глюкоза и лактоза),

Катаболитная репрессия

Если в среде присутствует несколько субстратов (глюкоза и лактоза), то

сначала утилизируется субстрат, поддерживающий наиболее высокую скорость роста - глюкоза;
Период генерации на среде с глюкозой 50 мин, с лактозой -80 мин;
При этом сначала синтезируются ферменты для утилизации глюкозы, а поступление лактозы в клетку подавляется;
После утилизации глюкозы, используется лактоза;
Смена синтеза ферментов для утилизации разных субстратов сопровождается сменой фаз роста в культуре - диауксия.
Слайд 39

Механизм катаболитной репрессии Эффектором выступает цАМФ; Белок активатор катаболитных оперонов (БАК)

Механизм катаболитной репрессии

Эффектором выступает цАМФ;
Белок активатор катаболитных оперонов (БАК) неактивен в

свободном состоянии;
Комплекс БАК-цАМФ имеет сродство к промотору;
Обеспечивает связь промотора с РНК-полимеразой и усиливает транскрипцию в 20-50 раз;
Количество комплексов БАК-цАМФ зависит от количества цАМФ.
Слайд 40

Циклический АМФ регулятор активности БАК Образуется из АТФ с помощью аденилатциклазы;

Циклический АМФ регулятор активности БАК

Образуется из АТФ с помощью аденилатциклазы;
При недостатке

глюкозы компоненты ее транспорта в клетку приводятся в активное состояние – фосфорилируются;
фосфорилирование обеспечивается аденилатциклазой и сопровождается увеличением цАМФ;
Увеличение цАМФ → увеличение комплексов БАК-цАМФ → увеличение связи РНК-полимеразы с промотором → увеличение транскрипции.
Слайд 41

Арабинозный оперон Гены araА, araВ, araD структурные – кодируют синтез ферментов,

Арабинозный оперон

Гены araА, araВ, araD структурные – кодируют синтез ферментов, образуют

оперон araВАD ;
Ген araС кодирует регуляторный аллостерический белок AraC, имеющий центр связывания с арабинозой;
Связываясь с арабинозой регуляторный белок становится активатором araВАD-оперона;
В отсутствие арабинозы AraC связывается с участками ДНК и образует петлю, препятствуя транскрипции;
AraC осуществляет негативную и позитивную регуляцию.
Слайд 42

Структура арабинозного оперона В присутствии арабинозы AraC превращается в активатор, присоединяется

Структура арабинозного оперона

В присутствии арабинозы AraC превращается в активатор, присоединяется к

инициатору (I);
БАК в комплексе с цАМФ связывается с ДНК в области промотора;
К промотору присоединяется РНК-полимераза.

Структурные гены

Регуляторная область

Ген регулятор

P

Слайд 43

Работа арабинозного оперона в присутствии арабинозы Репрессор арабиноза Актива тор БАК

Работа арабинозного оперона в присутствии арабинозы

Репрессор

арабиноза

Актива
тор

БАК
цАМФ

Белок активатор катаболитных оперонов (БАК) активируется

в комплексе цАМФ;
Усиливает транскрипцию.
Слайд 44

Работа арабинозного оперона в отсутствии арабинозы Репрессор

Работа арабинозного оперона в отсутствии арабинозы

Репрессор

Слайд 45

Репрессибельные опероны Характерны для анаболических путей. Цель регуляции – прекращение синтеза;

Репрессибельные опероны

Характерны для анаболических путей.
Цель регуляции – прекращение синтеза;
Оперон

«выключается» в присутствии молекул корепрессора;
Ген регулятор кодирует апорепрессор –репрессор в неактивной форме;
Апорепрессор имеет два активных центра, один для связывания с метаболитом (корепрессором), второй – для связывания с геном оператором;
Триптофановый оперон (регуляция негативная, аттенуация - регуляция транскрипции на уровне трансляции).
Слайд 46

Триптофановый оперон При наличии в среде триптофана, его синтез прекращается (репрессия

Триптофановый оперон

При наличии в среде триптофана, его синтез прекращается (репрессия конечным

продуктом);
Эффектор (корепрессор) – триптофан – связывается с апорепрессором и активирует его;
Репрессор связывается с оператором, блокируя синтез триптофана;
В отсутствии корепрессора апорепрессор не имеет сродства к оператору, идет синтез аминокислоты.
Слайд 47

Принцип работы триптофанового оперона

Принцип работы триптофанового оперона

Слайд 48

Аттенуация – механизм тонкой регуляции экспрессии структурных генов Позволяет регулировать количество

Аттенуация – механизм тонкой регуляции экспрессии структурных генов

Позволяет регулировать количество синтезирующегося

триптофана;
При избытке триптофана – транскрипция генов оперона большинством молекул РНК-полимеразы прерывается;
При недостатке триптофана транскрипция генов оперона увеличивается.
Слайд 49

Аттенуатор - последовательность нуклеотидов в регуляторной области перед первым структурным геном

Аттенуатор - последовательность нуклеотидов в регуляторной области перед первым структурным геном

Р

- промотор;
О - оператор;
А – аттенуатор.

Регуляторная область

Управляет активностью РНК-полимеразы.