Репликация. Прокариоты

Bessman, Ernest S. Simms, and Arthur Kornberg
Enzymatic Synthesis of Deoxyribonucleic Acid: I. PREPARATION OF SUBSTRATES AND PARTIAL PURIFICATION OF AN ENZYME FROM ESCHERICHIA COLI // J. Biol. Chem. 1958 233: 163-170.

-) 928 аминокислот;
-) 103 кДа;
-) ген polA;
-) моносубъединичный процессивный фермент (25-50 нт);
-) семейство А;
-) 3 доменная структура (2 экзонуклеазный + 1 полимеразный);
-) точность синтеза 10-4-10-5;
-) cкорость синтеза 10-20 нт/сек;
-) копийность ~ 400 мол/клетку.

- 3'-5'-экзонуклеаза
521 – 928 (408 ак) – полимераза
324 – 928 (605 ак ) – фрагмент Кленова

1970-1976 гг.

ДНК-полимеразы E.coli: pol I

Bruford E., Blanco L., Burtis K.C., Christman M.F. Copeland W.C.,
Friedberg E.C., Hanaoka F., Hinkle D.C., Lawrence C.W., Nakanishi M., Ohmori H., Prakash L.,
Prakash S., Reynaud C.A., Sugino A., Todo T., Wang Z., Weill J.C., Woodgate R.
Eukaryotic DNA polymerases: proposal for a revised nomenclature
J Biol Chem. 2001. V. 276. P. 43487 43490

Функциональная специфичность, 5 классов: ДНК- и РНК-

Гомология и структурная специфичность, 6 семейств: A, B, C, D, X, Y

A, B, X, Y

A семейство pol I: E.Coli, Bacillus, ДНК-полимераза T.aquaticus, Т7 (РНК- и ДНК-), pol γ
B семейство pol α: репликативные ДНК-полимеразы эукариот, Т4 и RB69
C: RT, теломераза, РНК-зависимые РНК-полимеразы, pol III
D: эвриархеоты
X: репаративные ДНК-полимеразы эукариот, TdT
Y: специализированные ДНК-полимеразы эукариот, вирусные и ретровирусные полимеразы,
pol IV, pol V

S.solfataricus
(PDB-код 1JX4)
Y-семейство

ДНК-полимераза HIV-1 RT, ВИЧ
(PDB-код 2HMI)
C-семейство

ДНК-полимераза Taq T. Aquaticus
(PDB-код 1TAQ)
А-семейство

– D705, D882

Gangurde R et al. (2000) J Biol Chem 275, 19685-92 –
D705, E710, D882 или D705, D882, E883

E, Glu, глутаминовая кислота

E.Coli
Klenow pol I

H РНК-праймеров или вследствие ник-трансляции

ML DNA synthesis in cell-free extracts of a DNA polymerase-defective mutant // Biochem. Biophys. Res. Commun. 1970, 40(6): 1348–55;
Kornberg T, Gefter ML Purification and DNA synthesis in cell-free extracts: properties of DNA polymerase II // PNAS. 1971, 68(4): 761–4.

-) 783 аминокислоты;
-) 90 кДа;
-) ген polB, dinA;
-) моносубъединичный фермент;
-) семейство В;
-) 2 доменная структура (1 экзонуклеазный + 1 полимеразных = 2-783 ак);
-) имеет полимеразную, корректирующую и праймазную активности;
-) точность синтеза 2*10-6, частота внесения делеций 10-6;
-) скорость синтеза 0,5-1 нт/сек;
-) копийность ~ 30 – 50 → 350-1000 мол/клетку.

ML Purification and DNA synthesis in cell-free extracts: properties of DNA polymerase II // PNAS. 1971, 68(4): 761–4;
Gefter ML, Hirota Y, Kornberg T, Wechsler JA, Barnoux C. Analysis of DNA polymerases II and 3 in mutants of Escherichia coli thermosensitive for DNA synthesis // PNAS. 1971, 68(12):3150-3.

-) многосубъединичный фермент;
-) семейство С;
-) имеет полимеразную и корректирующую активности;
-) точность синтеза ~10-8 (скорость накопления мутаций за 1 раунд репликации Т4 , геном 168,903 bp , ~1,7 bp / 10-8 nt;
-) скорость синтеза 2-4 нт/сек;
-) копийность ~ 5 – 10 мол/клетку.

Sakabe K, Sugimoto K, Sugino A. Mechanism of DNA chain growth. I. Possible discontinuity and unusual secondary structure of newly synthesized chains // PNAS 1968, 59(2):598-605.

Sugimoto K, Okazaki T, Okazaki R. Mechanism of DNA chain growth, II. Accumulation of newly synthesized short chains in E. coli infected with ligase-defective T4 phages // PNAS 1968, 60(4):1356-62.

Рейджи Оказаки
1930-1975 гг.

Тцунеко Оказаки
1933г.

of DNA Polymerase // Science 1969, 163(3874): 1410-1418.

"The operations are localized and arranged in multiple sites within a single area of the molecule."