В 1877 году будущий святитель поступает в Московскую Духовную Академию. Здесь
он смог приобщиться к тому пастырскому подвижничеству, коим всегда славилась Троице-Сергиева Лавра. В 1881 году Александр Преображенский успешно окончил Московскую Духовную Академию.
7 марта 1885 года Александр Лаврентьевич принимает монашеский постриг с именем Агафангел (в память мученика IV века, ученика священномученика Климента Анкирского), а затем принимает сан иеромонаха.
В 1886 году отец Агафангел назначается на должность инспектора Томской Духовной Семинарии с возведением в сан игумена — лишь через двадцать лет вернётся он в центральную Россию, уже уважаемым архипастырем.
Томская Духовная Семинария