Изучение генетической структуры популяции. Внешние различия

Внешние различия

Внешние различия

Фенотип ≠ Генотип

Внешние различия

Фенотип ≠ Генотип

«Скрытое» разнообразие

Модели популяции

Классическая AA BB CC DD Ee FF GG
vs
Балансовая Aa

«Скрытая» изменчивость

Х

Х

P

F1

Изоферменты

Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP)

…GTACGTAC…
…CATGCATG…

…GTA-GTAC…
…CAT-CATG…

Замены

Indel

Однонуклеотидные полиморфизмы (SNP)

…GTACGTAC…
…CATGCATG…

…GTAGTAC…
…CATCATG…

Замены

Indel

Определение последовательности ДНК

Секвенирование нового поколения (NGS)

Jobling et al., 2014

Jobling et al., 2014

Jobling et al., 2014

Jobling et al., 2014

Syvänen, Nat. Rev. Genetics, 2001

ПЦР в реальном времени (RT-PCR)

ДНК-чипы

Walker and Siminovitch, Nat. Clin. Pract. Rheumatology, 2007

Инсерции и делеции (в т.ч. МГЭ)

…GTACATCCGTAC…
…CATGTAGGCATG…

…GTA----CGTAC…
…CAT----GCATG…

http://www.wormbook.org/chapters/www_introreversegenetics/introreversegenetics.html

Микросателлиты (STR, SSR)

Ellegren, Nat. Rev. Genetics, 2004

Jobling et al., 2014

Структурные перестройки

Флуоресцентная гибридизация in situ

Perry GH et al. Nat. Genet. 2007

Количественная ПЦР

Гаплотип /фаза сцепления

AaBb

AB
ab

Ab
aB

Прямое определение

Jobling et al., 2014

Клонирование

Разбавление (эмульсионная ПЦР)

R. Williams et al. Nat. Met.  2006 

«Длинная» аллель-специфическая ПЦР

http://www.eyecalcs.com/DWAN/pages/v7/ch019a/014f.html

Анализ родословных

Jobling et al., 2014