Матричные биосинтезы

Содержание

Слайд 2

История исследований в молекулярной биологии Апрель 1953 г. - предложена модель

История исследований в молекулярной биологии

Апрель 1953 г. - предложена модель пространственной структуры

ДНК - двойная спираль (журнал “Nature” "Структура ДНК" Д. Уотсон и Ф. Крик)
В биологии начался новый отсчет времени – развитие молекулярной биологии
На этом пути сделаны серии блестящих открытий, большинство из которых отмечены Нобелевскими премиями
Слайд 3

Джеймс Уотсон (р. 1928) Френсис Крик (1916-2004) 1952 г работа над

Джеймс Уотсон (р. 1928) Френсис Крик (1916-2004)
1952 г
работа над моделированием ДНК
Основа:

правило Чаргаффа
и рентгенограммы Р. Франклин
и М. Уилкинса
1953 г – публикация результатов
1962 г – Нобелевская премия
Слайд 4

"...выдающийся харизматический символ нашего времени - спиральная лестница, ведущая, я надеюсь,

"...выдающийся харизматический символ нашего времени - спиральная лестница, ведущая, я надеюсь,

в небеса, - была разрекламирована с поистине выдающейся интенсивностью. Она использовалась как эмблема, ее рисовали на галстуках, она украшала фирменные бланки, ее устанавливали перед зданиями.... Она даже вторглась в высокие формы изящного искусства" .

Апрель 2013 г – 60 лет с момента открытия структуры ДНК
Какова роль молекулярной биологии в развитии современной медицины?

Е. Чаргафф

Слайд 5

Актуальность темы лекции: открытия молекулярной биологии играют важную роль в развитии

Актуальность темы лекции: открытия молекулярной биологии играют важную роль в развитии современной

медицины Использование ДНК-технологий

выявление мутаций генов
выявление наследственных заболеваний
определение особенностей генома
установление родства
диагностика бактериальных и вирусных заболеваний
производство рекомбинантных белков, гормонов….
производство лекарственных препаратов – ингибиторов матричных биосинтезов в опухолевых и бактериальных клетках
расшифровка генома человека (международный проект под рук. Д. Уотсона, 1990-2003 г) с целью ранней диагностики и лечения заболеваний

Слайд 6

Генная и клеточная терапия – «небеса», к которым привела спиральная лестница

Генная и клеточная терапия – «небеса», к которым привела спиральная лестница

ДНК

Генная терапия – лечение путем введения в клетки пациентов генов, устраняющих генные дефекты или придающие им новые функции
Первый клинический опыт
1990 г, США, 4-х летняя девочка с иммунодефицитным состоянием
Причина заболевания:
мутация гена аденозиндезаминазы → нарушение обмена нуклеотидов → нарушение пролиферации и созревания лимфоцитов
Лечение: пересадка собственных лимфоцитов с предварительно введенным in vitro ретровирусом, содержащим нормальный ген фермента

Слайд 7

Клеточная терапия Терапия с использованием стволовых клеток С помощью определенных генов

Клеточная терапия

Терапия с использованием стволовых клеток
С помощью определенных генов можно перепрограммировать

клетку и изменить путь ее дифференцировки
Разработана технология получения плюрипотентных стволовых клеток из фибробластов кожи человека с помощью генов Myc, Oct3/4, Sox2, Klf4 и их дальнейшая дифференцировка в кардиомиоциты
(Шинья Яманака, Япония, Нобелевская премия 2012)
Слайд 8

Цель лекции Знать: строение и функции нуклеиновых кислот химико-биологическую сущность процессов

Цель лекции

Знать:
строение и функции нуклеиновых кислот
химико-биологическую сущность процессов репликации, транскрипции,

трансляции
Использовать знания о матричных биосинтезах для понимания химико-биологической сущности
процессов роста и развития организма
механизмов устойчивости организма к воздействиям внешней среды
механизмов действия противоопухолевых и антибактериальных препаратов
Использовать знания о матричных биосинтезах для формирования представлений
о принципах ДНК-технологий в диагностике и терапии
о механизме действия некоторых ядов и бактериальных токсинов
о генетических аспектах полиморфизма генов и белков, наследственных заболеваний и канцерогенеза
Слайд 9

План лекции 1. Строение и функции ДНК и РНК (самостоятельное повторение

План лекции

1. Строение и функции ДНК и РНК (самостоятельное повторение курса

химии с использованием слайдов 10-18)
2. Репликация и репарация
3. Транскрипция
4. Трансляция
Слайд 10

Строение нуклеиновых кислот Функция: хранение, передача, реализация наследственной информации Нуклеиновые кислоты

Строение нуклеиновых кислот

Функция: хранение, передача, реализация наследственной информации
Нуклеиновые кислоты (НК) -

биополимеры
Мономер – нуклеотиды
Строение нуклеотида:
азотистое основание + пентоза + остаток фосфорной кислоты

Азотистые основания (АО)

Слайд 11

Пентозы в структуре нуклеиновых кислот

Пентозы в структуре нуклеиновых кислот

Слайд 12

Первичная структура НК: последовательность нуклеотидов Химические связи: 1 - 5′-фосфоэфирная 2

Первичная структура НК: последовательность нуклеотидов

Химические связи:
1 - 5′-фосфоэфирная
2 – N-гликозидная
3 -

3′,5′ - фосфодиэфирная
Условные обозначения:
Х – водород в ДНК
или -ОН в РНК
Слайд 13

Вторичная структура ДНК: двойная спираль Правозакрученная спираль (виток = 10 н.п.)

Вторичная структура ДНК: двойная спираль

Правозакрученная спираль
(виток = 10 н.п.)
Цепи антипараллельны:

5′→3′ и 3′→ 5′
Водородные связи между АО цепей
Стэкинг-взаимодействия (гидрофобные) между АО «в стопке»
Комплементарность цепей (А-Т, Г-Ц)
Правило Чаргаффа: А=Т, Г=Ц,
А+Т / C+G – характеристика вида
Слайд 14

Третичная структура ДНК: нуклеопротеидные комплексы (хромосомы) Гистоновые белки: белки с высоким

Третичная структура ДНК: нуклеопротеидные комплексы (хромосомы)

Гистоновые белки: белки с высоким содержанием

лиз и арг
5 типов: Н1, Н2А, Н2В, Н3, Н4
Негистоновые белки: белки и ферменты, участвующие в матричных биосинтезах
Роль белков: обеспечивают суперспирализацию и компактизацию ДНК
Нуклеосома
ДНК (≈146 н.п.) + 8 молекул гистонов (Н2А, Н2В, Н3, Н4)2
Структура удерживается ионными связями между лиз, арг и остатками фосфорной кислоты
Линкерные участки
Участок ДНК (≈30 н.п.) между нуклеосомами, с которым связаны молекулы гистона Н1
Гетерохроматин – «компактный» хроматин, транскрипционно неактивный
Эухроматин – деспирализованный хроматин с низким содержанием гистонов и высоким содержанием негистоновых белков (период транскрипции)
Слайд 15

Структура нуклеосом

Структура нуклеосом

Слайд 16

Пространственная структура РНК Одноцепочечная Шпильки – спирализованные участки (водородные связи) Не

Пространственная структура РНК

Одноцепочечная
Шпильки – спирализованные участки (водородные связи)
Не соблюдается правило Чаргаффа
Виды

РНК:
мРНК
матрица в синтезе белка
2-4% от общего количества РНК, разнообразная первичная структура
5′ - «кэп»-конец: 7-метил ГТФ (защита от нуклеаз, участие в инициации трансляции)
3′ - поли(А)-«хвост»: 150-200 остатков АМФ (выход из ядра, защита от нуклеаз)
Слайд 17

тРНК Структура тРНК: 1 – шпильки 2 - петли молекулы-адапторы: переводят

тРНК

Структура тРНК:
1 – шпильки
2 - петли

молекулы-адапторы: переводят информацию мРНК в последовательность

аминокислот в белке
15%
содержат
минорные нуклеотиды
(например,
метилированные АО)
Слайд 18

рРНК структурный компонент рибосом 80% от общего количества РНК в клетке

рРНК

структурный компонент рибосом
80% от общего количества РНК в клетке
4 типа у

эукариот: 5S, 5,8S, 18S, 28S
S – единица Сведберга,
скорость осаждения при центрифигировании
Слайд 19

РЕПЛИКАЦИЯ: синтез ДНК Протекает в ядре в S-фазу клеточного цикла перед

РЕПЛИКАЦИЯ: синтез ДНК

Протекает в ядре в S-фазу клеточного цикла перед митозом
Стимулы:

гормоны, ростовые факторы, белки-циклины
Матрица: обе нити ДНК, образуются 2 репликативные вилки
Направление синтеза новых цепей: 5′ - 3′ по принципу комплиментарности и антипараллельности
Участки синтеза – ориджины репликации
Участок ДНК между соседними ориджинами - репликон
Этапы репликации: инициация, элонгация, терминация
Субстраты и источники энергии: дАТФ, дГТФ, дТТФ, дЦТФ
Кофактор: Mg2+
Полуконсервативный процесс синтеза: каждая дочерняя молекула ДНК содержит одну родительскую нить и одну синтезированную
Образуется идентичная молекула ДНК (клетка 4n)
Слайд 20

1 этап репликации: инициация Формирование репликативной вилки: ДНК-топоизомераза расщепляет 3′,5′-фосфодиэфирную связь

1 этап репликации: инициация

Формирование репликативной вилки:
ДНК-топоизомераза расщепляет 3′,5′-фосфодиэфирную связь в одной

из цепей ДНК и присоединяется к 5′-концу в точке разрыва
2. ДНК-хеликаза, используя энергию АТФ, разрывает водородные связи и обеспечивает локальное разделение двойной спирали ДНК
ДНК-топоизомераза восстанавливает 3′,5′-фосфодиэфирную связь и отделяется
SSB (single strand binding)–белки связываются с одноцепочечными участками, препятствуя комплементарному скручиванию цепей
Слайд 21

Схема инициации репликации

Схема инициации репликации

Слайд 22

2 этап репликации: элонгация Синтез новых цепей ДНК Лидирующая цепь: 3′

2 этап репликации: элонгация

Синтез новых цепей ДНК
Лидирующая цепь: 3′ - 5′

(синтез непрерывный по ходу движения репликативной вилки)
Отстающая цепь: 5′ - 3′ (рост этой цепи начинается после того, как на лидирующей цепи синтезируется участок из ≈200 нуклеотидов, синтез идет против движения репликативной вилки в виде фрагментов Оказаки)
Синтез цепей начинается с образования «затравки» (РНК-праймера из ≈10 нуклеотидов)
Ферменты:
ДНК-полимераза α синтезирует РНК-праймер и небольшой участок ДНК
ДНК-полимераза δ удлиняет лидирующую цепь
ДНК-полимераза δ или ε удлиняют отстающую цепь
Слайд 23

3 этап репликации: терминация Исключение праймеров Завершение формирования отстающей цепи ДНК

3 этап репликации: терминация

Исключение праймеров
Завершение формирования отстающей цепи ДНК
Эндонуклеаза (РНКаза) удаляет

РНК-праймер
ДНК-полимераза β заполняет «брешь»
ДНК-лигаза объединяет фрагменты, затрачивая энергию АТФ
Слайд 24

Схема репликативной вилки

Схема репликативной вилки

Слайд 25

Репарация ошибок и повреждений ДНК Причина повреждений ДНК: действие факторов окружающей

Репарация ошибок и повреждений ДНК

Причина повреждений ДНК:
действие факторов окружающей и внутренней

среды
Повреждение ДНК происходит с частотой от нескольких сотен до 1000 случаев в каждой клетке, каждый час
Виды повреждений:
дезаминирование АО (цитозин превращается в урацил), метилирование АО
депуринизация, депиримидинизация
образование пиримидиновых димеров (действие УФО)
разрыв цепей, ковалентные сшивки между цепями
ошибки репликации
Система репарации – ферменты (нуклеазы, полимеразы, лигазы)
Слайд 26

Схема работы системы репарации ДНК

Схема работы системы репарации ДНК

Слайд 27

Роль системы репарации Репарация необходима для сохранения генома и возможна благодаря

Роль системы репарации

Репарация необходима для сохранения генома и возможна благодаря существованию

2-х цепей ДНК
Снижение активности ферментов репарации приводит к накоплению мутаций
Полагают, что от 80 % до 90 % всех раковых заболеваний связаны с нарушением репарации ДНК
ПРИМЕР: пигментная ксеродерма – наследственное заболевание, связанное с мутацией генов системы репарации ДНК; УФО таких больных приводит к накоплению мутаций в клетках кожи и развитию рака
Слайд 28

ТРАНСКРИПЦИЯ: синтез РНК Протекает в ядре вне зависимости от фаз клеточного

ТРАНСКРИПЦИЯ: синтез РНК

Протекает в ядре вне зависимости от фаз клеточного цикла
Матрица:

нить ДНК 3′ - 5′
Субстраты и источники энергии: АТФ, ГТФ, ЦТФ, УТФ
Направление синтеза: 5′ - 3′ по принципу комплиментарности и антипараллельности
Этапы: инициация, элонгация, терминация
Участвуют факторы инициации, элонгации и терминации
Образуются комплиментарные матрице продукты: мРНК, тРНК, рРНК
Ферменты:
РНК-полимераза I (синтез пре-рРНК)
РНК-полимераза II (синтез пре-мРНК)
РНК-полимераза III (синтез пре-тРНК)
Слайд 29

1 этап транскрипции: инициация Промотор – последовательность ДНК (ТАТА), с которой

1 этап транскрипции: инициация

Промотор – последовательность ДНК (ТАТА), с которой связывается

РНК-полимераза
Сайт терминации – участок завершения синтеза РНК
Транскриптон – участок ДНК ограниченный промотором и сайтом терминации
«Активация» промотора с помощью ТАТА-фактора
Взаимодействие промотора с РНК-полимеразой и факторами инициации
Факторы инициации обеспечивают расплетение двойной нити ДНК длиной в один виток (10 н.п.)
Слайд 30

2 этап транскрипции: элонгация и терминация Элонгация: рост нити пре-РНК Факторы

2 этап транскрипции: элонгация и терминация

Элонгация: рост нити пре-РНК
Факторы элонгации (E, H,

F) повышают активность РНК-полимеразы и облегчают расхождение цепей. Один ген может одновременно транскрибироваться несколькими молекулами РНК-полимеразы
Терминация: прекращение транскрипции
Факторы терминации облегчают отделение пре-РНК и РНК-полимеразы от матрицы ДНК
Слайд 31

Схема транскрипции

Схема транскрипции

Слайд 32

Посттранскрипционные модификации пре-РНК «Созревание» пре-мРНК «Кэпирование» на стадии элонгации Образование поли(А)-

Посттранскрипционные модификации пре-РНК

«Созревание» пре-мРНК
«Кэпирование» на стадии элонгации
Образование поли(А)- «хвоста» после транскрипции
Сплайсинг

– удаление интронов (некодирующих последовательностей) и соединение экзонов
Участвуют малые ядерные рибонуклеопротеины (мяРНП), образующие комплексы – сплайсосомы
Выход «зрелой» мРНК в цитоплазму
Альтернативный сплайсинг – механизм образования различных видов «зрелой» мРНК из одной и той же молекулы пре-мРНК в разных тканях
В результате в разных тканях при считывании информации с одного и того же гена образуются различные мРНК, а соответственно и различные белки
Слайд 33

Схема «созревания» пре-мРНК

Схема «созревания» пре-мРНК

Слайд 34

«Созревание» пре-тРНК Удаление интронов Модификация азотистых оснований (10-15%) Формирование акцепторного участка

«Созревание» пре-тРНК

Удаление интронов
Модификация азотистых оснований (10-15%)
Формирование акцепторного участка и антикодона
3.

Выход зрелых тРНК в цитоплазму
Слайд 35

«Созревание» пре-рРНК

«Созревание» пре-рРНК

Слайд 36

ТРАНСЛЯЦИЯ: синтез белка Место синтеза: рибосомы Матрица: мРНК Субстраты: аминокислоты (АК)

ТРАНСЛЯЦИЯ: синтез белка

Место синтеза: рибосомы Матрица: мРНК
Субстраты: аминокислоты (АК) Адапторы: тРНК
Источники

энергии: АТФ, ГТФ
Кофактор: Mg 2+ (стабилизирует структуру рибосом)
Факторы инициации (IF), элонгации (EF), терминации (RF)
Активация АК: связывание с тРНК (аминоацил-тРНК-синтетазы)
Инициирующая аминоацил-тРНК (аа-тРНК): мет-тРНК
Инициирующий кодон мРНК: AUG
Этапы: инициации, элонгации, терминации
Образуется колинеарный матрице продукт – белок (последовательность АК соответствует последовательности кодонов мРНК)
Биологический код: запись информации о последовательности АК в белке с помощью последовательности нуклеотидов
Из школьного курса биологии вспомните и объясните свойства биологического кода!
Слайд 37

Свойства биологического кода Триплетность Наличие терминирующих кодонов (UAA, UAG, UGA) Специфичность Вырожденность Универсальность Однонаправленность Колинеарность

Свойства биологического кода

Триплетность
Наличие терминирующих кодонов (UAA, UAG, UGA)
Специфичность
Вырожденность
Универсальность
Однонаправленность
Колинеарность

Слайд 38

Активация аминокислот

Активация аминокислот

Слайд 39

1 этап трансляции: инициация К мРНК присоединяется малая субъединица рибосомы, фактор

1 этап трансляции: инициация

К мРНК присоединяется малая субъединица рибосомы, фактор инициации

IF, мет-тРНК и ГТФ. Когда комплекс свяжется с кодоном AUG, происходит присоединение большой субъединицы рибосомы, что сопровождается гидролизом ГТФ и отделением IF. Формируется полноценная рибосома с пептидильным (Р) и аминоацильным (А) центрами
Слайд 40

2 этап трансляции: элонгация (рост пептидной цепи) Стадии элонгации: Связывание аа-тРНК

2 этап трансляции: элонгация (рост пептидной цепи)

Стадии элонгации:
Связывание аа-тРНК в А-центре

при участии фактора элонгации EF1 и с затратой энергии ГТФ
Образование пептидной связи между АК Р-центра и АК А-центра при участии пептидилтрансферазы
Перемещение рибосомы по мРНК (транслокация) в направлении от 5′- к 3′-концу с использованием энергии ГТФ и при участии фактора элонгации EF2
Многократное повторение стадий
Слайд 41

3 этап трансляции: терминация Высвобождение пептида из связи с тРНК и

3 этап трансляции: терминация

Высвобождение пептида из связи
с тРНК и рибосомой:
Стоп-кодоны UAA,

UAG, UGA попадают в А-центр
Высвобождение полипептида при участии
факторов терминации RF1, RF3 и энергии ГТФ
Слайд 42

Посттрансляционные модификации белков – образование функционально активных белков Частичный протеолиз Фолдинг

Посттрансляционные модификации белков – образование функционально активных белков

Частичный протеолиз
Фолдинг – формирование

пространственной структуры (II, III) при участии белков-шаперонов
Модификация аминокислот (гликозилирование, фосфорилирование, ацилирование, метилирование……)
Образование дисульфидных связей (цистеин-цистеин)
Присоединение простетической группы (сложные белки)
Сборка протомеров в олигомерные белки (формирование IV структуры)
Слайд 43

Регуляция матричных биосинтезов Экспрессия генов — процесс, в ходе которого наследственная

Регуляция матричных биосинтезов

Экспрессия генов — процесс, в ходе которого наследственная информация

от гена (последовательности нуклеотидов ДНК) преобразуется в функциональный продукт — РНК или белок (в процессе транскрипции и трансляции)
Механизмы регуляции экспрессии генов различны: компактизация ДНК, модификация ДНК и гистонов, привлечение факторов транскрипции и др.
Гены белков «домашнего хозяйства» экспрессируются с постоянной скоростью (конститутивные) и обеспечивают жизнеспособность клеток (например, гены ферментов энергетического обмена).
Стойкая репрессия транскрипции определенных генов в различных клетках обеспечивает формирование специализированных клеток, тканей и органов.
Адаптивная регуляция обеспечивает изменение скорости экспрессии генов в ответ на меняющиеся условия среды (индуцибельная экспрессия).
Слайд 44

Адаптивная регуляция осуществляется при участии: регуляторных белков, взаимодействующих с участками ДНК

Адаптивная регуляция осуществляется при участии:
регуляторных белков, взаимодействующих с участками ДНК
индукторов

(стимулируют экспрессию)
корепрессоров (подавляют экспрессию)
Индукторы или корепрессоры стимулируют присоединение регуляторных белков к регуляторным участкам ДНК
В качестве индукторов и корепрессоров выступают гормоны, ростовые факторы, продукты метаболических путей
Регуляторные участки ДНК:
Энхансер – «усилитель» транскрипции
Сайленсер – «тушитель» транскрипции
Слайд 45

Примеры адаптивной регуляции экспрессии генов КОРТИЗОЛ (как индуктор) стимулирует присоединение регуляторного

Примеры адаптивной регуляции экспрессии генов

КОРТИЗОЛ (как индуктор) стимулирует присоединение регуляторного белка

к энхансеру и вызывает экспрессию гена ФОСФОЕНОЛПИРУВАТКАРБОКСИКИНАЗЫ (ключевого фермента синтеза глюкозы), что приводит к повышению уровня глюкозы в крови при голодании, стрессе и физической нагрузки
ХОЛЕСТЕРИН (как корепрессор) стимулирует присоединение белка-регулятора к сайленсеру и вызывает подавление экспрессии гена ГМГ-КоА-РЕДУКТАЗЫ (ключевого фермента синтеза холестерина), что приводит к снижению синтеза холестерина (поэтому чем больше холестерина поступает с пищей, тем меньше его синтезируется)
Слайд 46

Примеры ингибиторов матричных биосинтезов Токсин белой поганки аманитин ингибирует РНК-полимеразу II

Примеры ингибиторов матричных биосинтезов

Токсин белой поганки аманитин ингибирует РНК-полимеразу II (синтез

мРНК)
Энтеротоксин возбудителя дифтерии ингибирует трансляцию, модифицируя фактор элонгации EF2 и нарушая транслокацию рибосом
Интерфероны (гликопротеины лимфоцитов и макрофагов, обладающие противовирусной активностью):
активируют РНК-азу, расщепляющую мРНК и рРНК
стимулируют синтез протеинкиназы, которая фосфорилирует и тем самым инактивирует фактор инициации трансляции IF2
прекращается синтез белков в инфицированных клетках человека, клетка погибает, но останавливается размножение вирусов
Слайд 47

Задание для самостоятельной работы Используя интернет-ресурсы и учебник выполните задания и

Задание для самостоятельной работы
Используя интернет-ресурсы и учебник выполните задания и составьте

конспект по вопросам:
1. Принцип метода полимеразной цепной реакции и его применение в медицине.
2. Роль нерепарированных изменений ДНК (мутаций) в развитии биохимической индивидуальности человека (полиморфизме генов и белков), наследственных заболеваний и канцерогенезе.
3. Заполните таблицу «Лекарственные препараты – ингибиторы матричных биосинтезов» (см. следующий слайд).
Слайд 48

Противоопухолевые и антибактериальные препараты – ингибиторы матричных биосинтезов

Противоопухолевые и антибактериальные препараты – ингибиторы матричных биосинтезов

Слайд 49

Заключение Процессы репликации, транскрипции, трансляции (матричные биосинтезы) лежат в основе «производства»

Заключение

Процессы репликации, транскрипции, трансляции (матричные биосинтезы) лежат в основе «производства» белков

и ферментов, функционирование которых является основой жизни
Регуляция данных процессов лежит в основе адаптации
Нарушение данных процессов приводит к развитию заболеваний
Знания о нуклеиновых кислотах и механизмах матричных биосинтезов являются основой создания лекарственных препаратов, методов диагностики и терапии