Содержание
- 2. (N12) 70 mer олигонуклиотид 70 вторая синтезированная цепь Мечение двойной цепи Набор меченых 70bp олигонуклеотидов пропускается
- 8. A МТдт 5'-AGCACTATAGGGACATGATGTTCCACACGTCACATGGTCGTCC-3' МТ27 5'-GATGTCGCGGGAACACAGTGTTCCGTGTACTGTGCAACTACTT-3' 25 5'-GATCCCCCCGGGCATCACCGTGCAGGGGGGGAGGTACAGAGTGTTCT GCGAGGATGCG-3' G/C богатое окружение (28% А/Т п.н.) 111 5'-GATCCTGTTACCATAGTGTAACTTCCTATTCAGGTACAATATGTTCT
- 9. Принцип метода иммунопреципитации in vivo
- 10. Иммунопреципитация хроматина in vivo с использованием антител против SF-1 для трёх генов мыши Семенники мышей линии
- 11. Scheme of chromatin immunoprecipitation workflow ChIP-chip ChIP-seq microarray analysis Massive parallel sequencing 1 2 3
- 12. Features of p65-binding sites on chromosome 22 R. Martone, G. Euskirchen, P. Bertone, S. Hartman et
- 13. Location and Position of GREs
- 14. Weak points of TFBS identification by ChIP-seq technology Insufficient resolution Typical ChIP-seq peak – 100-500 bp
- 15. Методы предсказания ССТФ De novo методы поиска ССТФ Методы, основанные на использовании обучающих выборок ССТФ методы
- 16. FoxA2 ChIP-seq в печени мыши [Wederell et al., 2008] Число пиков– 11 475 Средняя высота пика–
- 17. Для создания обучающей выборки из 81 известных ССТФ FoxA использовали данные из базы TRRD и литературных
- 18. Для обучения CHiPMunk были использованы 4455 локуса связывания FoxA2 (CHiP-seq; высота пика >15). Длины мотива для
- 20. Экспериментальная верификация 64 предсказанных ССТФ FoxA методом задержки в геле (EMSA), конкурентный анализ GST-DBD-FoxA2: [32P]-TTR: немеченый
- 21. скор EMSA подтвержденные сайты Скор EMSA расчитывался как отношение угла наклона линейной регрессии log-кривой зависимости от
- 24. Figure 7. Context patterns of the SF-1 BSs recognized by sequence analysis of the top-scoring ChIP-seq
- 27. СУПЕРЭНХАНСЕРЫ
- 28. СУПЕРЭНХАНСЕРЫ
- 29. СУПЕРЭНХАНСЕРЫ
- 31. Скачать презентацию