Реплікація, транскрипція для РНК-вмісних вірусів та вірусів з амбісенсовим геномом

Родини длРНК вірусів

Reoviridae – велика родина, мають 10-12 сегменів, інфікує хребетних,

Family Reoviridae

Геном Reovirus

10-12 сегментів dsRNA
Пакується 1 копія в віріон
Загальний розмір геному

Консервативні кінцеві послідовності сегментів геномів роду Оrbivirus (+ ланцюг)

BTV5 5-GUUAAA............................ACUUAC-3
EHDV

Модифіковано за Flint et al., Principles of Virology 2nd Ed., ASM

Structural and nonstructural proteins
encoded by Mammalian reovirus 1

Модифіковано за Alan Cann by BIH

dsRNA 1

dsRNA 2

dsRNA 3

dsRNA 4

dsRNA 5

dsRNA

mRNAs, ймовірно, переписуються в комплексах транскрипції в кожному з 12 незалежних

Кепування та метилювання mRNAs при транскрипції відбувається в корі реовірусної часточки

Модифіковано

Транскрипція/Реплікація:

RNA транскрибується консервативно:
Використовується тільки (‑)смисловий ланцюг;
В результаті синтезується (+)смислова

RNA реплікація
Геном реплікується в цитоплазмі за консервативним механізмом
Виробляється надлишок (+)

Reovirus: dsRNA Virus Strategy

Субвірусні часточки в цитоплазмамі є місцями синтезу мRNA

Totiviridae віруси - “killer” фунгі

Members of the family Totiviridae
Не викликає інфекції

Figure 2 Genome organization of Saccharomyces cerevisiae virus L-A (ScV-L-A). The

Рослинні Reoviruses

Три головних роди відрізняються 5’ і 3’ кінцевими ділянками

Ambisense genomes

Організація геному ВПЗТ

Подібності реплікативного процесу у (+) РНК вірусів, длРНК вірусів і зворотньо-транскрибуючих вірусів

7 класів вірусів за стратегією реплікації геному та енкапсидації

Фундаментальні зв'язки між класами

Виявлено паралелі у процесі реплікації геному між:
1) (+)

Паралелі між (+) РНК вірусами і ретровірусами: роль тРНК-послідовностей в ініціації

Паралелі між (+) РНК вірусами і ретровірусами: комплекси реплікації РНК та

Паралелі між (+) РНК вірусами і ретровірусами: формування сферул та капсидів

(brome

Регуляція Pol у ретровірусів та (+) РНК вірусів

Gag/Gag-Pol = 20
Зменшення співвідношення

Паралелі між длРНК вірусами і (+) РНК вірусами: фактори реплікації

Паралелі між (+) РНК вірусами і длРНК вірусами:

НЕКАНОНІЧНІ ВІРУСИ

Сателіти

Геном приблизно 500-2000 нуклеотидів з одноланцюгової РНК
Геном сателіту не схожий за

Вірус гепатиту дельта (HDV)

Вірус гепатиту дельта – унікальна молекула РНК,,

Геном вірусу гепатиту дельта (HDV)

Віроїдоподібний
регіон

Білок-кодуючий регіон (δ - антиген)

Віріони HBV та HDV

Віроїди

Віроїди

Дуже малі, ковалентно замкнені, кільцеві РНК молекули, здатні до автономної реплікації

Відкриття

Перший виявлений віроїд
Potato spindle tuber viroid (PSTVd)
1967 Dr. Ted Diener

Potato spindle tuber viroid (PSTVd)

Avsunviroidae та Pospiviroidae

Структура віроїдів

Структура віроїдів

Реплікація віроїда

В ядрі (PSTVd) або хлоропласті (ASBVd)
В хлоропласті розрізання рибозимопосередковане, у

Локалізація

+ланцюг віроїдів локалізується і в ядерці, і в нуклеоплазмі
-ланцюг –

Переміщення віроїда

для проникнення в крізь ядерну пору зв’язується з білком VirP1
Через

Основні питання

Які молекулярні сигнали примушують РНК-полімеразу хазяїна сприймати віроїд як матрицю

Організація геному

5 доменів: термінальні петлі Tr і Тl, патогенності (Р), центральний

Реплікація віроїду

реплікація за механізмом кільця, що котиться
сайт ініціації – U359 або

-РНК локалізуються у нуклеоплазмі, де, очевидно, відбувається транскрипція, у той час

відсутність movement-протеїнів
мутації у правому Т-домені перешкоджають нормальному міжклітинному транспорту
мутації у петлі

Взаємодія з компонентами клітини хазяїна

щонайменше 3 детермінанти патогенезу у доменах Т,

Взаємодія з компонентами клітини хазяїна

інтерференція РНК господаря (суперечливі результати досліджень)
взаємодія з