В 1643 году армия под руководством Эрдэни-Батура, первого джунгарского хана, вторглась
в Семиречье, захватив часть его территории. В том же году в ущелье реки Орбулак произошла знаменитая Орбулакская битва, в которой 600 казахских воинов во главе Жангир-ханом при поддержке 20 тысяч воинов, приведённых на помощь эмиром Самарканда Жалантосом Бахадуром, остановили 50 тысячное войско джунгар.
Жангир-хан боролся с джунгарами с переменным успехом и провёл три крупных сражения с джунгарскими войсками в 1635, 1643 и 1652 годах, но в последнем сражении погиб сам. В 1681—1684 годах в ходе очередного набега на Южный Казахстан был разрушен город Сайрам. Тем не менее, казахское ханство вплоть до смерти хана Тауке в 1718 году сдерживало натиск джунгарских завоевателей.
Война с Джунгарами