Пространственная организация генома. (Лекция 5)

основные уровни компактизации ДНК реализуются у про- и эукариот;
что такое нуклеосомы, гистоны и топологически ассоциированные домены.

до 1011 пар оснований. Гаплоидный геном человека имеет размер 3.3*109 п.н., что соответствует приблизительно 3.4 м длины молекул ДНК для диплоидной клетки. Таким образом, в клетке необходимо поддерживать чрезвычайно плотную упаковку генетического материала.
У многих бактерий геном представлен большой кольцевой хромосомой, расположенной в плотном участке цитоплазмы – нуклеоиде. Геном подавляющего числа эукариот разделен на линейные участки – хромосомы, которые максимально оформлены и компактизированны при формировании метафазной пластинки во время деления клеток.
В неделящихся клетках эукариот хромосомы распределены по ядру менее компактно, формируя так называемый хроматин (комплекс ДНК с белками). При этом важно понимать, что каждая деконденсированная хромосома занимает в ядре определенную часть ядра, называемую хромосомной территорией.
Пространственная укладка генетического материала эукариот включает в себя несколько уровней компактизации: свободная ДНК, нуклеосомный уровень, 30 нм фибриллы, 300 нм фибриллы, хромонемы и хромосомы (выделяются при делении). В живой клетке разные участки генома имеют отличную компактизацию, так, в ядре выделяется зона активно транскрибируемого хроматина (эухроматин) и неактивные регионы (гетерохроматин).
Наиболее низким уровнем компактизации эукариотической ДНК является нуклеосомный уровень. На одиночную нуклеосому, которая является белковым октомером, состояющую из гистонов H3, H4 H2A и H2B, где каждый встречается дважды, наматывается участок ДНК длиной 146 п.н. и свободный линкер в 54 п.н. Распределение нуклеосом соответствует модели "бусин на нитке".

генома транскрибируются активно, формируя эухроматин, другие же представляют собой молчащие области гетерохроматина. Упаковка генома контролируется множеством структурных белков, которые обеспечивают разделение ядра на некие функциональные компартменты – топологически ассоциированные домены (topologically associated domains, TADs). Топологически ассоциированные домены могут определяться как модификациями гистонов, о чём будет сказано во втором модуле, так и контактами с "выстилкой" внутренней поверхности ядра — ламиной (lamina associated domains, LADs). Ламина представляет собой пространственно организованную сеть промежуточных филаментов, формурующих структуру ядра. Белки ламины (ламины А и В (D)) поддерживают эту структуру, при этом ламинин В связан с ядерной оболочкой, образуя остов ядра. Роль белков ламины состоит в удержании относительно стабильных доменов хроматина. Так, было выявлено, что около 1300 протяженных участков генома человеческих клеток находятся в непосредственном контакте с ламином B1. При этом большая часть генов, находящихся в контакте с ламиной, транскрипционно неактивна.