В течение длительного периода существования моногородов, с периодически обостряющимися внутренними и
внешними проблемами их функционирования, не было сформировано эффективных способов работы органов власти с несбалансированностью моноспециализированных поселений, адекватных их сложности и остроте. Чаще всего все сводилось к несистемным действиям местной (реже — региональной) власти «по ситуации», в рамках имеющихся ограниченных полномочий и катастрофической нехватки финансовых средств, что «откладывало» решение накопившихся проблем моногородов на будущее и порождало новые.
На фоне мирового финансового кризиса 2008 года во многих моногородах возник целый комплекс различных проблем, основной из которых стало резкое понижение инвестиционной активности, временное приостановление инвестиционных проектов, а иногда и отказ от их реализации.