Всі реакції проводять у пробірках, що знаходяться в термостаті. Там автоматично
забезпечується зміна температурного режиму і його підтримка, це створює передумови для широкого впровадження методу ПЛР у практику лабораторної клінічної діагностики.
Для синтезу праймерів, які є специфічними до певної ДНК-мішені, потрібно знати нуклеотидну послідовність ДНК відповідного патогенного мікроорганізму. Основним критерієм підбору праймерів є комплементарність матриці. У цьому випадку в ході ПЛР буде ампліфікуватися тільки специфічна ділянка ДНК, довжина якої рівна сумарній довжині двох праймерів і фрагмента ДНК між ними. Підбір оптимальної температури, відпал праймерів на матриці – це важливий фактор, який впливає на ефективність і специфічність ампліфікації.