Патогенетические механизмы реактивного артрита неизвестны, хотя очевидно вовлечение иммунного ответа на
микроорганизмы урогенитального тракта. Полагают, что развитие иммунокомплексного синовита обусловлено чрезмерным иммунным ответом макроорганизма на микробные антигены, находящиеся вне полости сустава, с формированием иммунных комплексов, которые откладываются в синовиальной оболочке.
Роль хламидийной урогенитальной инфекции в развитии реактивного артрита чаще всего ассоциирован с хламидийной (Chlamydia trachomatis) урогенитальной инфекцией.