Алгоритмы и методы глобального выравнивания последовательностей. Множественное выравнивание. Рекомбинационный анализ

Июль 29, 2022

Главная
Разное
Алгоритмы и методы глобального выравнивания последовательностей. Множественное выравнивание. Рекомбинационный анализ

Содержание

2. Выравнивание последовательностей —метод, основанный на размещении двух или более последовательностей ДНК, РНК или белков друг под
3. Глобальное выравнивание Полагается, что последовательности обладают достаточным сходством по всей длине Можно разделить на: попарное (выравнивание
6. Алгоритм Нидлмана — Вунша Был предложен в 1970 году является примером динамического программирования, и он оказался
7. Графическое представление. Точечная матрица.
8. Графическое представление. Точечная матрица.
9. Графическое представление. Точечная матрица.
10. Графическое представление. Точечная матрица.
11. Графическое представление. Точечная матрица.
12. Графическое представление. Точечная матрица.
13. Графическое представление. Точечная матрица. Dot Plot. Drosophila melanogaster SLIT protein aligned against itself.
14. Создание выравнивания (1)
15. Создание выравнивания (2)
16. Создание выравнивания (3)
17. Создание выравнивания (4)
18. Параметры Clustal
19. Общий вид
20. https://mafft.cbrc.jp/ MAFFT http://www.tcoffee.org/ T-Coffee
21. Рекомбинационный анализ Simplot (Lole et al., 1999) https://sray.med.som.jhmi.edu/SCRoftware/simplot/ Analysis of HBoV genome sequences using Simplot (A)
22. Рекомбинационный анализ Simplot (Lole et al., 1999) https://sray.med.som.jhmi.edu/SCRoftware/simplot/ Analysis of HBoV genome sequences using Simplot (A)
23. Bootscan, Chimaera, GENECONV, MaxChi, RDP, SisScan и др. методы RDP – (http://web.cbio.uct.ac.za)
24. Bootscan, Chimaera, GENECONV, MaxChi, RDP, SisScan и др. методы RDP – (http://web.cbio.uct.ac.za)
25. RDP –
26. RDP – (можно скачать с сайта http://web.cbio.uct.ac.za)
31. Рекомбинационный анализ SplitsTree4
32. Рекомбинационный анализ SplitsTree4
34. Скачать презентацию

Слайд 2

Выравнивание последовательностей —метод, основанный на размещении двух или более последовательностей ДНК, РНК или белков друг

под другом таким образом, чтобы легко увидеть сходные участки в этих последовательностях. Сходство первичных структур двух молекул может отражать их функциональные, структурные или эволюционные взаимосвязи. Выровненные последовательности оснований нуклеотидов или аминокислот обычно представляются в виде строк матрицы. Добавляются разрывы между основаниями таким образом, чтобы одинаковые или похожие элементы были расположены в следующих друг за другом столбцах матрицы

Слайд 3

Глобальное выравнивание
Полагается, что последовательности обладают достаточным сходством по всей длине
Можно разделить

на: попарное (выравнивание двух последовательностей) и множественное (выравнивание трех и более)
Самые распространенные: Clustal, T-Coffee, MAFFT и MUSCLE

Слайд 4