olypm_01_pop_gen_Решение задач из нашего задачника

Содержание

Слайд 2

Популяционная генетика изучает генофонды популяций Генофонд – это совокупность всех аллелей всех генов популяции

Популяционная генетика изучает
генофонды популяций

Генофонд – это совокупность всех аллелей всех

генов популяции
Слайд 3

Генофонд Gene pool

Генофонд

Gene pool

Слайд 4

Чем отличаются генофонды популяций одного вида и почему? Разных видов? Как

Чем отличаются генофонды популяций одного вида и почему?
Разных видов?

Как изменяются

генофонды?
Можно ли предсказать это изменение?

Эволюция – это изменение генофонда

Слайд 5

Методы: Математические модели Исследование в природе Эксперименты с лабораторными популяциями

Методы:
Математические модели
Исследование в природе
Эксперименты с лабораторными популяциями

Слайд 6

Генетическая структура популяции Частоты генотипов Частоты аллелей

Генетическая структура популяции

Частоты генотипов
Частоты аллелей

Слайд 7

Генетическая структура популяции Частоты генотипов (особи) Частоты аллелей (пул генов, генофонд) Gene pool

Генетическая структура популяции

Частоты генотипов (особи)

Частоты аллелей (пул генов, генофонд)

Gene pool

Слайд 8

Частота генотипа доля особей с данным генотипом в популяции

Частота генотипа

доля особей с данным генотипом в популяции

Слайд 9

Популяция состоит из 400 особей. Из них генотипа АА – 40

Популяция состоит из 400 особей. Из них генотипа
АА – 40


Аа – 120
аа – 240
Найти частоты генотипов
Слайд 10

q = √ Q Верны всегда Только при условии равновесия p

q = √ Q

Верны всегда

Только при условии равновесия

p + q =

1

P + H + Q = 1

Формулы генетики популяций

Слайд 11

Проблема: В реальной популяции нельзя различить генотипы АА и Аа (при

Проблема:
В реальной популяции нельзя различить генотипы АА и Аа (при полном

доминировании).
Можно достоверно определить только частоту рецессивных гомозигот аа
Слайд 12

Частота аллеля доля данного аллеля среди всех аллелей этого гена в популяции.

Частота аллеля

доля данного аллеля среди всех аллелей этого гена в популяции.


Слайд 13

Частота аллеля Особи популяции Их аллели – генофонд N 2N

Частота аллеля

Особи популяции

Их аллели – генофонд

N

2N

Слайд 14

Как посчитать частоту аллеля Частота аллеля А NА + Nа =

Как посчитать частоту аллеля

Частота аллеля А

NА + Nа = 2N

Частота аллеля

а

p + q = 1

Слайд 15

Как связаны частоты аллелей и генотипов? Можно ли, зная частоты генотипов,

Как связаны частоты аллелей и генотипов?

Можно ли, зная частоты генотипов, определить

частоты аллелей?

Частота аллеля А по определению

ДА!

Пусть мы знаем P, H и Q (при неполном доминирова-нии их легко определить, посчитав всех особей)

Посчитаем NA

Число особей такого генотипа

Слайд 16

Можно ли, зная частоты генотипов, определить частоты аллелей? Тогда частота аллеля

Можно ли, зная частоты генотипов, определить частоты аллелей?

Тогда частота аллеля

А

Аналогично считается частота аллеля а

Слайд 17

q = √ Q Верны всегда Только при условии равновесия p

q = √ Q

Верны всегда

Только при условии равновесия

p + q =

1

P + H + Q = 1

Формулы генетики популяций

Слайд 18

Популяция состоит из 400 особей. Из них генотипа АА – 40

Популяция состоит из 400 особей.
Из них генотипа
АА – 40


Аа – 120
аа – 240
Найти частоты генотипов и аллелей
Слайд 19

Вывод соотношения Харди-Вайнберга Главные условия: популяция бесконечна все свободно скрещиваются (панмиксия)

Вывод соотношения Харди-Вайнберга

Главные условия:
популяция бесконечна
все свободно скрещиваются (панмиксия)

Слайд 20

Как связаны частоты аллелей и генотипов? Обратная задача: Пусть известны частоты

Как связаны частоты аллелей и генотипов?

Обратная задача:
Пусть известны частоты аллелей –

p и q.
Можно ли определить частоты генотипов?

В общем случае - НЕТ

Но можно при одном условии:
популяция находится в равновесии

Слайд 21

Пусть мы знаем генетическую структуру популяции в данный момент времени Можно

Пусть мы знаем генетическую структуру популяции в данный момент времени

Можно ли определить, каким будет следующее поколение?
Изменятся ли в нем частоты аллелей и генотипов?

Динамика генофонда – изменения со сменой поколений

P родительское поколение

F1

Слайд 22

Представим процесс размножения родитель-ского поколения, как случайную встречу гамет из общего

Представим процесс размножения родитель-ского поколения, как случайную встречу гамет из общего

пула.

Родители

Их гаметы

Для частот гамет в этом пуле абсолютно неважно, каким было распределение генотипов
у родителей

Слайд 23

Образование зиготы – это случайный выбор двух гамет из пула Родители Генофонд (пул генов) Потомки

Образование зиготы – это случайный выбор двух гамет из пула

Родители

Генофонд

(пул генов)

Потомки

Слайд 24

Образование зиготы – это случайный выбор двух гамет из пула. Вероятность

Образование зиготы – это случайный выбор двух гамет из пула.
Вероятность того,

что первая гамета окажется А – p, что а – q
То же самое для второй гаметы.
Вероятность образования зиготы из двух гамет с определенным аллелем равна произведению вероятностей этих двух событий.
Слайд 25

p q p q А p2 q2 pq pq Гаметы самок

p

q

p

q

А

p2

q2

pq

pq

Гаметы самок

Гаметы самцов

соотношение не 1 : 1 !!!

Правило умножения вероятностей. Образование

зиготы – два независимых события: выбор яйцеклетки и выбор спермия.
Слайд 26

p2 + 2 pq + q2 = 1 P Q Н Генотипы нового поколения

p2 + 2 pq + q2 = 1

P

Q

Н

Генотипы нового поколения

Слайд 27

Каким бы ни было соотношение генотипов в родительской популяции, уже в

Каким бы ни было соотношение генотипов в родительской популяции, уже в

первом поколении потомков оно установится в соответствии с формулой

Вывод:

Частоты аллелей в при этом не изменятся – это ясно из модели размножения

и можно легко проверить по формулам

Слайд 28

Равновесное состояние популяции Соотношение генотипов, установившееся в F1, будет сохраняться в

Равновесное состояние популяции

Соотношение генотипов, установившееся в F1, будет сохраняться в бесконечном

ряду поколений

закон Харди-Вайнберга

Частоты аллелей и генотипов не меняются

Равновесная (идеальная) популяция

Слайд 29

Для равновесной популяции легко установить частоты аллелей, зная –лишь частоту генотипа

Для равновесной популяции легко установить частоты аллелей, зная –лишь частоту генотипа

аа – Q

Q = q2

q = √ Q

p = 1 – q

Слайд 30

q = √ Q Верны всегда Только при условии равновесия p

q = √ Q

Верны всегда

Только при условии равновесия

p + q =

1

P + H + Q = 1

Формулы генетики популяций

Слайд 31

Допущения и предположения, сделанные при выводе Харди-Вайнберга

Допущения и предположения, сделанные при выводе Харди-Вайнберга

Слайд 32

Родители Генофонд Потомки Панмиксия (нет подбора родительских пар по генотипам) Большая

Родители

Генофонд

Потомки

Панмиксия (нет подбора родительских пар по генотипам)

Большая численность (только тогда реальные

частоты потомков будут соответствовать ожидаемым)
Слайд 33

p q p q А Гаметы самок Гаметы самцов Частоты аллелей у самок и самцов равны

p

q

p

q

А

Гаметы самок

Гаметы самцов

Частоты аллелей у самок и самцов равны

Слайд 34

p q p q А p2 q2 pq pq Гаметы самок

p

q

p

q

А

p2

q2

pq

pq

Гаметы самок

Гаметы самцов

Все образовавшиеся зиготы имеют равные шансы выжить

Слайд 35

Панмиксия (свободное скрещивание) Большая численность популяции Отсутствие отбора по признаку Отсутствие

Панмиксия (свободное скрещивание)
Большая численность популяции
Отсутствие отбора по признаку
Отсутствие мутаций
Отсутствие миграции, т.е.

потока генов между разными популяциями.

Условия применимости модели Харди-Вайнберга

Слайд 36

Факторы эволюции нарушение любого из условий применимости будет приводить к отклонению

Факторы эволюции

нарушение любого из условий применимости будет приводить к отклонению популяции

от равновесного состояния
на популяционном уровне эволюция - это изменение генофонда, т.е. состава и частот аллелей
Поэтому те отклонения от перечисленных условий выполнимости Харди‑Вайнберга, которые изменяют генофонд, и называют факторами эволюции
Слайд 37

ЗАДАЧИ

ЗАДАЧИ

Слайд 38

Задача 2 В популяции божьих коровок изучали распределение генотипов по признаку

Задача 2

В популяции божьих коровок изучали распределение генотипов по признаку окраски.

ВВ – черные, bb – красные, Bb – красные с черными пятнышками.

Равновесна популяция или нет?

Слайд 39

Задача 2

Задача 2

Слайд 40

Задача 2 > > >

Задача 2

>

>

>

Слайд 41

Задача 6 Каждая двадцатая гамета в популяции содержит рецессивный аллель, вызвающий

Задача 6

Каждая двадцатая гамета в популяции содержит рецессивный аллель, вызвающий глухоту.
Определите

ожидаемую частоту рождения детей с этим видом глухоты, если популяция находится в равновесии Харди-Вайнберга
Слайд 42

Ход решения задачи 6 Каждая двадцатая гамета содержит а – значит

Ход решения задачи 6

Каждая двадцатая гамета содержит а – значит частота

этого аллеля

(исходя из определения понятия «частота аллеля»)

Глухие дети – это дети генотипа аа

Ожидаемая частота такого генотипа Q = q2

Слайд 43

Подагра встречается у 2% людей и обусловлена аутосомным доминантным геном А

Подагра встречается у 2% людей и обусловлена аутосомным доминантным геном А

с неполной пенетрантностью. У женщин ген подагры не проявляется (т.е. женщины любого генотипа здоровы), а у мужчин пенетрантность его равна 20% (это означает, что только 20% мужчин генотипа А_ болеют подагрой)
Определите генетическую структуру популяции по анализируемому признаку.

Задача 7

Слайд 44

Решение задачи 7 2% больных – среди всех, значит среди мужчин

Решение задачи 7

2% больных – среди всех, значит среди мужчин –

4%
Это 1/5 от носителей гена А.
Значит всего их 4*5 = 20% (среди женщин частота должна быть такой же, поскольку одна популяция)

Тогда аа (Q) = 0.8, откуда q = √0.8 = 0.89
p = 1 – q = 0.11.
Значит, гомозигот АА: 0.112 = 0.012 (1%)

Слайд 45

В популяции волков серый окрас полностью доминирует над черным. Исходя из

В популяции волков серый окрас полностью доминирует над черным.
Исходя из

предположения, что популяции находятся в равновесии, найдите процент гетерозиготных особей в популяции:
а) содержащей 5% особей рецессивного фенотипа,
б) содержащей 5% особей доминантного фенотипа,

Задача 9

Слайд 46

Решение задачи 9 А. Q = 0,05 P + Н =

Решение задачи 9

А. Q = 0,05 P + Н = 0,95


q = 0,22 (кв. корень) р=0,78
Н = 0,34

Б. Q = 0,95 P + Н = 0,05
q = 0,975 (кв. корень) р=0,025
Н = 0,049

Слайд 47

Задача 17 В Канаде 7% мужского населения страдает дальтонизмом (рецессивный, сцеплен

Задача 17

В Канаде 7% мужского населения страдает дальтонизмом (рецессивный, сцеплен с

полом).
Какой процент женского населения, не болея дальтонизмом, является носительницами аллеля дальтонизма?
(для аллелей Х-хромосомы q равно частоте генотипа Q среди мужчин)
Слайд 48

Ход решения задачи 17 Для аллелей Х-хромосомы q равно частоте генотипа

Ход решения задачи 17

Для аллелей Х-хромосомы q равно частоте генотипа Q

среди мужчин. Значит, q = 0.07

Носительницы дальтонизма имеют генотип XdX+. Их частота H среди всех женщин вычисляется по формуле

Н = 2pq

p = 1 – q

Частоту второго аллеля – нормального – определяем по верной всегда формуле

Слайд 49

В популяции число гетерозигот в 6 раз превышает число рецессивных гомозигот.

В популяции число гетерозигот в 6 раз превышает число рецессивных гомозигот.


При этом частота рецессивного аллеля будет составлять – ?

Задача 13

Слайд 50

В популяции число гетерозигот в 6 раз превышает число рецессивных гомозигот

В популяции число гетерозигот в 6 раз превышает число рецессивных гомозигот


Задача 13 – решение

2pq = 6q2 2q сокращаем, заменяем p = 1 – q
1 – q = 3q
1 = 4q откуда q = 0,25

Слайд 51

Предприниматель, занимающийся разведением норок, обнаружил, что в условиях свободного спаривания в

Предприниматель, занимающийся разведением норок, обнаружил, что в условиях свободного спаривания в

среднем 9% его норок имели жесткий мех, что при продаже стало приносить меньше дохода.
Поэтому он решил увеличить процент норок с мягким мехом путем исключения из произвольного спаривания норок с жестким мехом, признак которого наследуется как аутосомный рецессивный аллель.
Какой процент норок с жестким мехом может он ожидать получить в следующем поколении?

Задача 19 – на отбор

Слайд 52

РЕШЕНИЕ. Определяем частоту гетерозигот. Частота рецессивного аллеля, q = √Q =

РЕШЕНИЕ.
Определяем частоту гетерозигот.
Частота рецессивного аллеля, q = √Q = √0.09 =

0.3
Частота гетерозигот Н = 2pq = 2•0.3•0.7 = 0.42.
Частота доминантных гомозигот Р – 0.49
Новая частота рецессивного аллеля (после отбраковки гомозигот): q = H/2
Но, поскольку особей стало меньше, надо эту величину разделить на сумму частот оставшихся (P + H), иначе новая сумма частот генотипов не будет равна 1.
Таким образом, правильная формула для вычисления нового q
q = (H/2) / (P + H)
q = (0.42 : 2) : (0.49 + 0.42) = 0.21 : 0.91 = 0.23
Частота гомозигот в следующем поколении – q2 = 0.053
Слайд 53

Выведем формулу для изменения частоты рецессивного аллеля, q, если гомозиготы по

Выведем формулу для изменения частоты рецессивного аллеля, q, если гомозиготы по

нему летальны (или полностью исключаются из размножения)

F0

p0

q0

Родительское поколение

F1 до отбраковки

Посчитаем новую частоту аллеля a среди особей F1, участвующих в размножении

Слайд 54

F0 p0 q0 Родительское поколение F1 до отбраковки q1 = Nа

F0

p0

q0

Родительское поколение

F1 до отбраковки

q1 =


2N

=

q

p + 2q

=

Сокращаем на 2p

q

1

+ q

=

Заменяем p + q = 1

Слайд 55

Для F2 воспользуемся этой формулой. => Подставим вместо q1 его выражение

Для F2 воспользуемся этой формулой.

=>

Подставим вместо q1 его выражение через

q0

И после преобразований получим

Слайд 56

Рассуждая так же, можно показать, что в поколении n Частота рецессивного

Рассуждая так же, можно показать, что в поколении n

Частота рецессивного

аллеля в поколении n в ситуации полной элиминации гомозигот аа
Слайд 57

Частота аллеля HbS гена бета-цепи гемоглобина А с мутацией E6V, приводящей

Частота аллеля HbS гена бета-цепи гемоглобина А с мутацией E6V, приводящей

к серповидноклеточной анемии, в современной Нигерии составляет 24%.
Вероятность дожить до репродуктивного возраста для гомозигот по E6V (больных серповидноклеточной анемией) в условиях Нигерии близка к нулю.
Вероятность дожития для гетерозигот выше, чем для гомозигот по нормальному аллелю, благодаря устойчивости гетерозигот к малярии. За счет этого генетическая структура популяции не меняется от поколения к поколению, несмотря на элиминацию гомозигот по мутантному аллелю.
Считая, что частота этого аллеля была такой же до демографического взрыва, когда из пяти детей среднестатисти-ческой нигерийской женщины до репродуктивного возраста доживало в среднем двое, определите вероятность дожития для гетерозигот по мутации E6V и нормальных гомозигот.

Задача 21 – на отбор

Слайд 58

ХОД РЕШЕНИЯ ДАНО: q = 0.24 Вероятность выжить для Аа и

ХОД РЕШЕНИЯ

ДАНО:

q = 0.24

Вероятность выжить для Аа и АА

Средняя вероятность выжить

– 2/5 (0.4)

Среднее число потомков на женщину – 5

При этом ω (аа) = 0

НАЙТИ:

(без учета генотипа)

Слайд 59

ХОД РЕШЕНИЯ Можно решать, составив уравнения, где неизвестной величиной будет адаптивная

ХОД РЕШЕНИЯ

Можно решать, составив уравнения, где неизвестной величиной будет адаптивная ценность

(ω) разных генотипов.

Но более простой путь – через конкретные числа

Возьмите 1000 семей этой популяции.
Сколько детей в них родится?
Какой будет частота рецессивного аллеля среди рожденных и среди выживших?

Слайд 60

РЕШЕНИЕ В F1 родилось 5000 детей. Из них по условию дожило

РЕШЕНИЕ

В F1 родилось 5000 детей.
Из них по условию дожило до взрослого

возраста 2000.
Посчитаем число рец. аллелей а среди этих 2000.
Всего аллелей гена А у них 2N = 4000.
Частота аллеля а неизменна, q = 0.24
Значит, число аллелей а: q*4000 = 0.24*4000 = 960.
Поскольку аллели а содержатся только у гетерозигот (гомозиготы все умерли), то среди этих 2000 человек будет 960 гетерозигот.
Соответственно, людей генотипа АА будет 1040.
Слайд 61

РЕШЕНИЕ Теперь мы знаем, сколько Аа и АА среди выживших. Посчитаем,

РЕШЕНИЕ

Теперь мы знаем, сколько Аа и АА среди выживших.
Посчитаем, сколько их

было среди родившихся
(по Харди-Вайнбергу).
АА – P = p2 = 0.762 = 0.5776
Аа – H = 2pq = 2·0.76·0.24 = 0.3648
aa – Q = q2 = 0.242 = 0.0576

Умножаем частоты на 5000:
АА – 2888,
Аа – 1824
аа – 288

Слайд 62

РЕШЕНИЕ Вероятность дожития – это отношение числа носителей данного генотипа среди

РЕШЕНИЕ

Вероятность дожития – это отношение числа носителей данного генотипа среди выживших

к числу среди рожденных.

Доля выживших гетерозигот Аа:
960 / 1824 = 0.526
Доля выживших гомозигот АА:
1040 / 2888 = 1040 / 2888 = 0.360

Слайд 63

Дополнение к решению Хотя в задаче об этом не спрашивают, но

Дополнение к решению

Хотя в задаче об этом не спрашивают, но можно

посчитать адаптивную ценность (ω) всех генотипов.

Принимаем Аа за 1 – 0.526
Тогда для АА она равна 0.360 / 0.526 = 0.68
Коэффициент отбора против АА
s = 1 – 0.68 = 0.32

Слайд 64

Слайд 65

Задача на инбридинг № 22

Задача на инбридинг № 22

Слайд 66

На остров ветром занесло единственное семечко однолетнего самоопыляющегося растения, гетерозиготного по

На остров ветром занесло единственное семечко однолетнего самоопыляющегося растения, гетерозиготного по

одному гену.
Как будет выглядеть популяция на острове через 3 года, если предположить, что все особи выживают, производя одно поколение в год?
Выведите общую формулу, описывающую генетический состав этой популяции самоопылителей через n поколений.
Каковы вероятность нахождения через 10 лет растения, идентичного по генотипу с основателем?
Слайд 67

На остров попало одно зернышко p = q = ½ Пусть

На остров попало одно зернышко

p = q = ½

Пусть каждое растение

дает по 4 потомка (отбора нет)
Слайд 68

В конечном счете все растения будут гомозиготны по всем генам. Поэтому

В конечном счете все растения будут гомозиготны по всем генам.
Поэтому

самоопылители – это набор природных чистых линий.

Вывод.
При самоопылении возрастает доля гомозигот.

Слайд 69

Слайд 70

При каких частотах аллелей она максимальна? Доля гетерозигот

При каких частотах аллелей она максимальна?

Доля гетерозигот

Слайд 71

Частоты генотипов при разных частотах аллелей

Частоты генотипов при разных частотах аллелей

Слайд 72

Вывод: частота гетерозигот максимальна, когда частоты всех аллелей равны

Вывод:
частота гетерозигот максимальна, когда частоты всех аллелей равны

Слайд 73

Если в идеальной популяции присутствуют только три аллеля локуса А (А1,

Если в идеальной популяции присутствуют только три аллеля локуса А (А1,

А2, А3), то гетерозиготность (совокупная доля гетерозигот) популяции не может превышать:
а)1/3 б)½ в) 2/3 г) 5/8

Частоты аллелей по одному из генов в популяции составляют 0,1, 0,2, 0,3 и 0,4. Гетерозиготность этой популяции составляет:
а) 10% б) 30% в) 50% г) 70%