Внеклеточное молекулярное клонирование (метод полимеразной цепной реакции)

Содержание

Слайд 2

Теория и технология метода ПЦР 1

Теория и технология
метода ПЦР

1

Слайд 3

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) - метод клонирования последовательности ДНК (гена) в

Полимеразная цепная реакция (ПЦР) - метод клонирования последовательности ДНК (гена) в

искусственных условиях (in vitro) на основе многократно повторяющейся реакции полимеразного копирования фрагмента ДНК с использованием фланкирующих праймеров, комплементарных его 3′- концам.

Амплификация - многократное копирование фрагмента ДНК.

Ампликон – продукт амплификации.

Слайд 4

1-й праймер 2-й праймер ДНК-мишень

1-й праймер

2-й праймер

ДНК-мишень

Слайд 5

Основные компоненты ПЦР: ДНК-мишень – фрагмент ДНК, подлежащий амплификации; два праймера

Основные компоненты ПЦР:

ДНК-мишень – фрагмент ДНК, подлежащий
амплификации;

два

праймера - синтетических нуклеотида длиной
15 – 30 нуклеотидов, комплементарных 3′- концам
ДНК- мишени (выполняют роль ДНК-затравки и
ДНК- зонда);

ДНК-полимераза;

свободные нуклеотиды.

Слайд 6

ПЦР – полициклический процесс каждый цикл которого включает 3 этапа: Денатурация

ПЦР – полициклический процесс каждый цикл которого включает 3 этапа:
Денатурация

ДНК путем нагревания реакционной смеси до 950С;
Отжиг праймеров на 3′- концах ДНК-мишени (при 50 – 700С);
Элонгация – синтез комплементарных цепей на матрице ДНК-мишени.

Число циклов ПЦР: 30…50.

Слайд 7

1-й цикл 2-й цикл Денатурация Отжиг Элонгация

1-й цикл

2-й цикл

Денатурация

Отжиг

Элонгация

Слайд 8

3-й цикл: 4-й цикл:

3-й цикл:

4-й цикл:

Слайд 9

30-й цикл: 1 молекула 60 молекул 2n 1 073 741 824

30-й цикл:

1 молекула

60 молекул
2n

1 073 741 824 молекулы
~ 2n

В ходе

ПЦР количество амплифицируемого фрагмента ДНК-мишени увеличивается в прогрессии:
А = М · ( 2n – n – 1 ), или ~ 2n
где А - число копий ДНК-мишени;
М – исходное число молекул ДНК-мишени
n – число циклов

Конечный результат ПЦР – наработка такого количества вещества специфического фрагмента ДНК (мкг), которое можно зафиксировать уже визуально.
ПЦР – мощный «усилитель» сигнала о каком-либо биологическом объекте в виде уникальной, присущей только ему последовательности его генома.

Слайд 10

В 1985 г. Карл Мюллис – запатентовал изобретенный им метод амлификации

В 1985 г. Карл Мюллис – запатентовал изобретенный им метод амлификации

ДНК путем полимеразной цепной реакции.
В 1993 г. за изобретение ПЦР удостоен Нобелевской премии по химии.

Карл Мюллис
(род. 1944, Северная
Каролина, США)

Слайд 11

Технология метода ПЦР 1. Выделение образца ДНК 2. Подготовка реакционной смеси

Технология метода ПЦР

1. Выделение образца ДНК

2. Подготовка реакционной смеси (20…100 мкл)

подбор праймеров

3′

3′

5′

5′

1500 п.н.

??????

- праймеры должны быть строго гомологичны амплифицируемому участку ДНК и ограничивать область генома уникальную по длине и нуклеотидной последовательности с нулевой вероятностью повторения в геноме.

Слайд 12

ДНК полимераза – применяется термостабильная ДНК-полимераза из бактерии Thermophilus aquaticus (Taq-полимераза) – выдерживает температуру 950С.

ДНК полимераза – применяется термостабильная ДНК-полимераза из бактерии Thermophilus aquaticus

(Taq-полимераза) – выдерживает температуру 950С.
Слайд 13

3. Амплификация – проводится в приборах–амплификаторах. 900 Денатурация Отжиг Элонгация 700

3. Амплификация – проводится в приборах–амплификаторах.

900

Денатурация

Отжиг

Элонгация

700

500

1-й цикл

2-й цикл

3-й цикл

Слайд 14

4. Оценка результатов ПЦР Контрольный фрагмент 1 2 3 4 5

4. Оценка результатов ПЦР

Контрольный
фрагмент

1 2 3 4 5

- проводится

путем разделения продуктов амплификации электрофорезом с последующим сравнением с контрольным фрагментом заданной длины.
Слайд 15

Трансиллюминатор

Трансиллюминатор

Слайд 16

ПЦР: биотехнология или нет ?

ПЦР: биотехнология или нет ?

Слайд 17

Прикладное использование метода ПЦР 2

Прикладное использование
метода ПЦР

2

Слайд 18

ПЦР – современный диагностический инструмент, позволяющий идентифицировать биологические объекты по ничтожно

ПЦР – современный диагностический инструмент, позволяющий идентифицировать биологические объекты по ничтожно

малым количествам биоматериала.

Основные направления :
диагностика инфекционных болезней
диагностика наследственных болезней
ДНК-идентификация личности
ДНК-диагностика качества продуктов питания

ДНК-диагностика (гено-диагностика) – методы получения информации о биологических объектах на основании выявления особенностей их генома.

Слайд 19

Диагностика инфекционных болезней ?

Диагностика инфекционных болезней

?

Слайд 20

Иммунологический метод диагностики

Иммунологический метод диагностики

Слайд 21

Слайд 22

Преимущества ПЦР-диагностики: специфичность высокая чувствительность – раннее обнаружение инфекции

Преимущества ПЦР-диагностики:
специфичность
высокая чувствительность – раннее обнаружение
инфекции

Слайд 23

ДНК-идентификация Амелогенин – белок, образующий структурный матрикс зубной эмали У человека

ДНК-идентификация

Амелогенин – белок, образующий структурный матрикс зубной эмали

У человека ген амелогенина

(AMG) – белка, образующего структурный матрикс зубной эмали, локализован в половых хромосомах Х и Y.

молекулярно-генетические маркеры половой принадлежности

Слайд 24

Различия в аллелях гена амелогенина человека Х-хромосома Y-хромосома Aллель AMGX Aллель

Различия в аллелях гена амелогенина человека

Х-хромосома

Y-хромосома

Aллель AMGX

Aллель AMGY

Делеция 6 нуклеотидов

в первом интроне аллеля AMGX

Аллель AMGX, расположенный в Х-хромосоме, на 6 нуклеотидов короче в результате делеции в первом интроне.

106 п.н.

112 п.н.

Слайд 25

Технология определения пола эмбрионов Микробиопсия трофобласта Выделение ДНК Электрофорез продуктов ПЦР

Технология определения пола эмбрионов

Микробиопсия трофобласта

Выделение ДНК

Электрофорез продуктов ПЦР

К 1 2


112

106



ПЦР с праймерами
к АМG

При идентификации пола, определяются фрагменты обоих аллелей длиной, соответственно, 112 (АМGY) и 106 (AMGX ) пар нуклеотидов.

Слайд 26

ПЦР- диагностика качества продуктов питания Микробное загрязнение продуктов Выявление в пищевых

ПЦР- диагностика качества продуктов питания

Микробное загрязнение продуктов

Выявление в пищевых продуктах

трансгенов

Определение посторонних примесей биологического происхождения, снижающих качество продукции

Слайд 27

Молекулярная археология и палеонтология - изучение ДНК из найденных при раскопках

Молекулярная археология и палеонтология - изучение ДНК из найденных при раскопках

каких-либо содержащих ее древних объектов.

Самой древней ДНК – 120…135 млн. лет.

Слайд 28

ПЦР в гидрогеологии – исследование перемещения подземных вод. ДНК ПЦР-анализ проб воды

ПЦР в гидрогеологии – исследование перемещения подземных вод.

ДНК

ПЦР-анализ проб воды