Із 2007 р. САП ЄС фінансується за допомогою 2-х утворених європейських
сільськогосподарських фондів:
Європейський фонд гарантій у сільському господарстві;
Європейський сільськогосподарський фонд розвитку сільських територій.
У рамках європейського фонду гарантій у сільському господарстві фінансуються такі витрати:
відшкодування у випадку експорту сільськогосподарської продукції до третіх країн (із 2013 р. експортні субсидії не застосовуються);
інтервенції в процесі регулювання сільськогосподарських ринків;
прямі платежі для аграріїв, передбачені в рамках САП; основними бенефіціарами прямих платежів є Франція (6 млрд євро щороку), ФРН (3,7 млрд євро), Іспанія (3,4 млрд євро), Італія (3,3 млрд євро), Велика Британія (2,9 млрд євро) та Греція (1,6 млрд євро);
інформаційно-рекламні заходи у сфері сільського господарства.