Ужасы российского бунта навечно врезались в его память. Была создана специальная
комиссия по борьбе с чумой, и Самойловича ввели в ее состав, поручив испытать специальные порошки для окуривания помещений и вещей больных.
Самойлович начинает проверку с себя: окуривает и носит одежду зачумленных, спит на их окуренных постелях. При этом он настолько сильно обжигает себе руки, что «знаки как бы рытвин и разрывов оставались на них по смерть его». Он работает поочередно в трех чумных госпиталях. В монастырских палатах ухаживает за больными, исследует их пульс, вскрывает им чумные бубоны.
Из 15 помощников остаются в живых только трое. А он переболел легкой формой чумы, заразившись гноем через трещины и ссадины на руках.
После ликвидации чумы в Москве Самойлович получает чин коллежского асессора и зачисляется штаб-лекарем московских департаментов Сената. Самойлович планирует получить степень доктора медицины.
Борьба с чумой