Получавший всё меньше прибыли новый король Португалии Жуан III решил назначить пятым вице-королём
64-летнего сурового и неподкупного Васко да Гаму. В апреле 1524 года адмирал отплыл из Португалии. Васко да Гаму сопровождали двое сыновей — Эштеван да Гама и Паулу да Гама. Сразу же по прибытии в Индию Васко да Гама принял твёрдые меры против злоупотреблений колониальной администрации. Однако он не успел навести порядок, так как скончался от малярии 24 декабря 1524 года в Кочине. В 1539 году тело Васко да Гама было перевезено в Португалию и захоронено в монастыреЖеронимуш в лиссабонском предместье Санта-Мария-де-Белен.
Третье плавание в Индию и смерть