Организация работы НОУ «Лидер» строится по следующим принципам:
интегральности, то есть объединения
и взаимовлияния учебной и исследовательской деятельности учащихся, когда опыт и навыки, полученные в НОУ, используются на уроках и содействуют повышению успеваемости и развитию психологической сферы;
непрерывности – процесса длительного профессионально ориентирующего образования и воспитания в творческом объединении учащихся различных возрастов и научных руководителей;
межпредметного многопрофильного обучения, в котором погружение в проблему предполагает глубокое систематизированное знание предмета и широкую эрудицию в разных областях, формирование навыка исследовательского труда;
свободы выбора учащимися дополнительной образовательной программы и видов деятельности в ее границах;
индивидуализации образовательной траектории учащихся;
создания условий для самореализации личности;
социально-педагогической поддержки детей, проявивших способности к научно-исследовательской деятельности.