Принципы системы:
Целостность системы образует взаимосвязь и зависимость таможенных органов друг от
друга при достижении общей целей взаимодействия, реализации своих функций.
Структурность системы создаётся своеобразием форм построения организационных структур таможенных органов, их связей и отношений в рамках единого технологического процесса.
Иерархичность системы характеризует отношение субординации по вертикали и координации действий по горизонтали, которое базируется в распределении полномочий и функций таможенных органов в осуществлении таможенного дела.
Взаимозависимость системы с окружающей социальной средой воплощена в постоянном взаимодействии таможенных органов с федеральными органами государственной власти, организациями государственной власти субъектов федерации, различными объединениями и структурами участников ВЭД.