- Расчет свободной энергии с помощью молекулярной динамики
Содержание
- 2. Свободная энергия?
- 3. Свободная энергия Гиббса
- 4. Свободная энергия Гиббса
- 5. Предсказательная сила Может указать состояние, к которому придёт система рано или поздно. Предсказать вероятность нахождения интересующего
- 6. Вероятность найти систему в состоянии i
- 7. Как посчитать? Средняя потенциальная энергия!
- 8. Растворение растворитель растворённая молекула молекула 1) 2) ансамбль 1 ансамбль 2 Выполнить моделирование для состояния 1,
- 9. Метод Видома Пример: внедряется частица: Ne в раствор C8E6 в воде. Widom, B. "Potential-distribution theory and
- 10. Растворение большой молекулы растворитель растворённая молекула молекула 1) 2) ансамбль 1 ансамбль 2
- 11. Перекрывание фазовых пространств Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy calculations. The
- 12. Перекрывание фазовых пространств (подбирать одежду в отделе с другими размерами)
- 13. Перекрывание фазовых пространств Чтобы понять другого человека, нужно быть им!
- 14. Растворение большой молекулы Что делать?
- 15. Растворение большой молекулы A B … G – функция состояния, не зависит от выбранного пути
- 16. Алхимические превращения Работает хорошо, но не с потенциалами, обладающими сингулярностями: Леннард-Джонс, Кулон
- 17. Мягкое ядро (soft core) вместо линейного приближения используют:
- 18. На практике
- 19. Отключение Кулона и Леннард-Джонса:
- 21. Перекрывание распределений
- 22. Или суммировать с весами? MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)* Минимизирует погрешность, подбирая весовые функции Реализован в
- 23. Свободная энергия растворения C8E6 1 solute molecule
- 24. Растворение нескольких молекул
- 25. Термодинамический цикл
- 26. Свободная энергия гидрофобного взаимодействия
- 27. Umbrella sampling … …
- 28. Потенциал средней силы Глицирризиновая кислота
- 29. PMF
- 30. Нифедипин
- 32. Сходимость PMF
- 33. Литература Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides G. Pieffet, Alan E. Mark. Introduction
- 34. Литература Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy calculations. The Journal of
- 35. Thank you!
- 36. Диффузия и проницаемость
- 37. Диффузия и проницаемость
- 38. PMF для разных молекул
- 39. Проницаемость: корреляция теории и эксперимента
- 41. Скачать презентацию
Свободная энергия?
Свободная энергия?
Свободная энергия Гиббса
Свободная энергия Гиббса
Свободная энергия Гиббса
Свободная энергия Гиббса
Предсказательная сила
Может указать состояние, к которому придёт система рано или поздно.
Предсказать
Предсказательная сила
Может указать состояние, к которому придёт система рано или поздно.
Предсказать
Вероятность найти систему в состоянии i
Вероятность найти систему в состоянии i
Как посчитать?
Средняя потенциальная энергия!
Как посчитать?
Средняя потенциальная энергия!
Растворение
растворитель
растворённая
молекула
молекула
1)
2)
ансамбль 1
ансамбль 2
Выполнить моделирование для состояния 1, а затем пересчитать энергию
Растворение
растворитель
растворённая
молекула
молекула
1)
2)
ансамбль 1
ансамбль 2
Выполнить моделирование для состояния 1, а затем пересчитать энергию
Метод Видома
Пример:
внедряется частица: Ne
в раствор C8E6 в воде.
Widom, B. "Potential-distribution theory
Метод Видома
Пример:
внедряется частица: Ne
в раствор C8E6 в воде.
Widom, B. "Potential-distribution theory
Растворение большой молекулы
растворитель
растворённая
молекула
молекула
1)
2)
ансамбль 1
ансамбль 2
Растворение большой молекулы
растворитель
растворённая
молекула
молекула
1)
2)
ансамбль 1
ансамбль 2
Перекрывание фазовых пространств
Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices
Перекрывание фазовых пространств
Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices
Перекрывание фазовых пространств
(подбирать одежду в отделе с другими размерами)
Перекрывание фазовых пространств
(подбирать одежду в отделе с другими размерами)
Перекрывание фазовых пространств
Чтобы понять другого человека, нужно быть им!
Перекрывание фазовых пространств
Чтобы понять другого человека, нужно быть им!
Растворение большой молекулы
Что делать?
Растворение большой молекулы
Что делать?
Растворение большой молекулы
A
B
…
G – функция состояния, не зависит от выбранного пути
Растворение большой молекулы
A
B
…
G – функция состояния, не зависит от выбранного пути
Алхимические превращения
Работает хорошо, но не с потенциалами, обладающими сингулярностями: Леннард-Джонс, Кулон
Алхимические превращения
Работает хорошо, но не с потенциалами, обладающими сингулярностями: Леннард-Джонс, Кулон
Мягкое ядро (soft core)
вместо линейного приближения используют:
Мягкое ядро (soft core)
вместо линейного приближения используют:
На практике
На практике
Отключение Кулона и Леннард-Джонса:
Отключение Кулона и Леннард-Джонса:
Перекрывание распределений
Перекрывание распределений
Или суммировать с весами?
MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)*
Минимизирует погрешность, подбирая весовые
Или суммировать с весами?
MBAR (Multistate Bennett Acceptance Ratio)*
Минимизирует погрешность, подбирая весовые
Свободная энергия растворения C8E6
1 solute molecule
Свободная энергия растворения C8E6
1 solute molecule
Растворение нескольких молекул
Растворение нескольких молекул
Термодинамический цикл
Термодинамический цикл
Свободная энергия гидрофобного взаимодействия
Свободная энергия гидрофобного взаимодействия
Umbrella sampling
…
…
Umbrella sampling
…
…
Потенциал средней силы
Глицирризиновая кислота
Потенциал средней силы
Глицирризиновая кислота
PMF
PMF
Нифедипин
Нифедипин
Сходимость PMF
Сходимость PMF
Литература
Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides
G. Pieffet, Alan
Литература
Berk Hess. Free energy calculations. GROMACS workshop 2007, slides
G. Pieffet, Alan
Литература
Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy
Литература
Pohorille, A., Jarzynski, C., Chipot, C. (2010). Good practices in free-energy
Thank you!
Thank you!
Диффузия и проницаемость
Диффузия и проницаемость
Диффузия и проницаемость
Диффузия и проницаемость
PMF для разных молекул
PMF для разных молекул
Проницаемость: корреляция теории и эксперимента
Проницаемость: корреляция теории и эксперимента
Излучение источников. Интегральная показательная функция. (Лекция 5)
Электроёмкость и энергия электростатического поля
Оптические явления
Теорема Остроградского-Гаусса
Повітряні кулі
Природа света урок физики в 11 классе. Учитель Н.Н. Сушкова
Построение изображений
Гидродинамика
Презентация по физике "Использование интегративной технологии развивающего обучения в преподавании курса физики основной шко
Учебный курс 
Постоянный ток -1
Коллоквиум №1
Связь между напряженностью электростатического поля и разностью потенциалов. Эквипотенциальные поверхности
Открытие протона и нейтрона
Фотобиологические процессы
Загальне знання повітряних суден. Планер літального апарата
Ренгенофлуоресцентный анализ
Распределение газовых молекул по скоростям и энергиям
Рычаги в быту, технике и природе
Анализ и расчет методом комплексных амплитуд линейных цепей переменного тока
Переменный электрический ток. Генератор переменного электрического тока
Презентация по физике "Оптика" - скачать 
Твердое тело в механике
СИЛЫ ТРЕНИЯ 
Квантовая Космология Б.Е. Жиляев Киев, 2006
Подготовка к ЕГЭ
Вопросы по технике безопасности локомотивной бригады
Методы физиологических исследований