Первичная структура белка

Содержание

Слайд 2

ОСНОВНЫЕ ЭТАПЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА ОПРЕДЕЛЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНОЙ МАССЫ ОПРЕДЕЛЕНИЕ АМИНОКИСЛОТНОГО

ОСНОВНЫЕ ЭТАПЫ ОПРЕДЕЛЕНИЯ
ПЕРВИЧНОЙ СТРУКТУРЫ БЕЛКА

ОПРЕДЕЛЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНОЙ МАССЫ
ОПРЕДЕЛЕНИЕ АМИНОКИСЛОТНОГО СОСТАВА (АМИНОКИСЛОТНЫЙ

АНАЛИЗ)
ОПРЕДЕЛЕНИЕ N- И С-КОНЦЕВЫХ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ
ХИМИЧЕСКОЕ ИЛИ ФЕРМЕНТАТИВНОЕ РАСЩЕПЛЕНИЕ ПОЛИПЕПТИДНОЙ ЦЕПИ
ВЫДЕЛЕНИЕ ПОЛУЧЕННЫХ ФРАГМЕНТОВ БЕЛКА И ОПРЕДЕЛЕНИЕ ИХ АМИНОКИСЛОТНОЙ ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ (СЕКВЕНИРОВАНИЕ)
Слайд 3

ОПРЕДЕЛЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНОЙ МАССЫ МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЯ ЭЛЕКТРОФОРЕЗ 3. ГЕЛЬ-ФИЛЬТРАЦИЯ 4. УЛЬТРАЦЕНТРИФУГИРОВАНИЕ

ОПРЕДЕЛЕНИЕ МОЛЕКУЛЯРНОЙ МАССЫ

МАСС-СПЕКТРОМЕТРИЯ
ЭЛЕКТРОФОРЕЗ

3. ГЕЛЬ-ФИЛЬТРАЦИЯ
4. УЛЬТРАЦЕНТРИФУГИРОВАНИЕ

Слайд 4

Принцип аминокислотного анализа Гидролиз в 5,7н HCl при 1100C в вакууме в течение 24-96 часов

Принцип
аминокислотного
анализа
Гидролиз в 5,7н HCl
при 1100C в вакууме
в течение

24-96 часов
Слайд 5

ФЕНИЛИЗОТИОЦИАНАТ (ФИТЦ, PITC) НИНГИДРИН (ТРИКЕТОГИДРИНДЕНГИДРАТ)

ФЕНИЛИЗОТИОЦИАНАТ
(ФИТЦ, PITC)

НИНГИДРИН (ТРИКЕТОГИДРИНДЕНГИДРАТ)

Слайд 6

ОПРЕДЕЛЕНИЕ N-КОНЦЕВЫХ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ 1. МЕТОД Ф.СЕНГЕРА (1945 г.)

ОПРЕДЕЛЕНИЕ N-КОНЦЕВЫХ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ

1. МЕТОД Ф.СЕНГЕРА (1945 г.)

Слайд 7

2. ДАНСИЛЬНЫЙ МЕТОД (В.Р.ГРЕЙ, Б.С.ХАРТЛИ, 1963 г.)

2. ДАНСИЛЬНЫЙ МЕТОД (В.Р.ГРЕЙ, Б.С.ХАРТЛИ, 1963 г.)

Слайд 8

3. МЕТОД ЭДМАНА (1956 г.) ФЕНИЛИЗОТИОЦИАНАТ (ФИТЦ, PITC, РЕАГЕНТ ЭДМАНА)

3. МЕТОД ЭДМАНА (1956 г.)

ФЕНИЛИЗОТИОЦИАНАТ
(ФИТЦ, PITC,
РЕАГЕНТ ЭДМАНА)

Слайд 9

4. ФЕРМЕНТАТИВНЫЙ ГИДРОЛИЗ АМИНОПЕПТИДАЗАМИ ЛЕЙЦИНАМИНОПЕПТИДАЗА (С НАИБОЛЬШЕЙ СКОРОСТЬЮ ГИДРОЛИЗУЕТ СВЯЗИ Leu,

4. ФЕРМЕНТАТИВНЫЙ ГИДРОЛИЗ АМИНОПЕПТИДАЗАМИ

ЛЕЙЦИНАМИНОПЕПТИДАЗА (С НАИБОЛЬШЕЙ СКОРОСТЬЮ ГИДРОЛИЗУЕТ СВЯЗИ Leu, Ile,

Val)
АМИНОПЕПТИДАЗА М (ГИДРОЛИЗУЕТ ВСЕ СВЯЗИ, КРОМЕ Pro-X и X-Pro)
ДИПЕПТИДИЛАМИНОПЕПТИДАЗА I ИЛИ КАТЕПСИН С (ОТЩЕПЛЯЕТ N-КОНЦЕВОЙ ДИПЕПТИД)
Слайд 10

ОПРЕДЕЛЕНИЕ С-КОНЦЕВЫХ АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ МЕТОД ГИДРАЗИНОЛИЗА (Сиро АКАБОРИ, 1952 г.) Безводный NH2-NH2, 1200C, 10 час

ОПРЕДЕЛЕНИЕ С-КОНЦЕВЫХ
АМИНОКИСЛОТНЫХ ОСТАТКОВ

МЕТОД ГИДРАЗИНОЛИЗА (Сиро АКАБОРИ, 1952 г.)
Безводный NH2-NH2, 1200C,

10 час
Слайд 11

2. ОКСАЗОЛОНОВЫЙ МЕТОД ПО МАТСУО ИЛИ МЕТОД ТРИТИЕВОЙ МЕТКИ (Hisayuki MATSUO, 1965 г.)

2. ОКСАЗОЛОНОВЫЙ МЕТОД
ПО МАТСУО ИЛИ МЕТОД ТРИТИЕВОЙ МЕТКИ
(Hisayuki MATSUO,

1965 г.)
Слайд 12

3. С-КОНЦЕВОЕ АВТОМАТИЧЕСКОЕ СЕКВЕНИРОВАНИЕ. ИДЕНТИФИКАЦИЯ С-КОНЦЕВЫХ ОСТАТКОВ В ВИДЕ ТИОГИДАНТОИНОВ

3. С-КОНЦЕВОЕ
АВТОМАТИЧЕСКОЕ
СЕКВЕНИРОВАНИЕ.
ИДЕНТИФИКАЦИЯ
С-КОНЦЕВЫХ ОСТАТКОВ В ВИДЕ ТИОГИДАНТОИНОВ


Слайд 13

4. ФЕРМЕНТАТИВНЫЙ ГИДРОЛИЗ КАРБОКСИПЕПТИДАЗАМИ

4. ФЕРМЕНТАТИВНЫЙ ГИДРОЛИЗ КАРБОКСИПЕПТИДАЗАМИ

Слайд 14

ФРАГМЕНТАЦИЯ ПОЛИПЕПТИДНОЙ ЦЕПИ ХИМИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ РАСЩЕПЛЕНИЯ 1. Расщепление по остаткам Met

ФРАГМЕНТАЦИЯ ПОЛИПЕПТИДНОЙ ЦЕПИ

ХИМИЧЕСКИЕ МЕТОДЫ РАСЩЕПЛЕНИЯ

1. Расщепление по остаткам Met (Эрхард ГРОСС,

Бернард ВИТКОП, 1962 г.)
Слайд 15

2. РАСЩЕПЛЕНИЕ ПО ОСТАТКУ Trp ПО МЕТОДУ А. ФОНТАНА (1970 г.)

2. РАСЩЕПЛЕНИЕ ПО ОСТАТКУ Trp ПО МЕТОДУ А. ФОНТАНА
(1970 г.)


Слайд 16

2-(2-нитрофенилсульфенил)-3-метил-3-броминдол (скатол = 3-метилиндол)

2-(2-нитрофенилсульфенил)-3-метил-3-броминдол

(скатол = 3-метилиндол)

Слайд 17

3. РАСЩЕПЛЕНИЕ СВЯЗИ Asn-Gly

3. РАСЩЕПЛЕНИЕ СВЯЗИ Asn-Gly

Слайд 18

2-иминотиозолидинкарбоновая кислота 5. РАСЩЕПЛЕНИЕ ПО ОСТАТКАМ Cys (А. ПАТЧОРНИК, 1974 г.) 2-нитро-5-тиоцианатбензойная кислота

2-иминотиозолидинкарбоновая кислота

5. РАСЩЕПЛЕНИЕ ПО ОСТАТКАМ Cys
(А. ПАТЧОРНИК, 1974 г.)

2-нитро-5-тиоцианатбензойная кислота


Слайд 19

ФЕРМЕНТАТИВНЫЕ МЕТОДЫ ФРАГМЕНТАЦИИ ПОЛИПЕПТИДНОЙ ЦЕПИ ВЫСОКАЯ СПЕЦИФИЧНОСТЬ 1. Трипсин pH 7,0-9,0

ФЕРМЕНТАТИВНЫЕ МЕТОДЫ ФРАГМЕНТАЦИИ ПОЛИПЕПТИДНОЙ ЦЕПИ

ВЫСОКАЯ СПЕЦИФИЧНОСТЬ
1. Трипсин pH 7,0-9,0
Lys—X Arg—X


Lys—Pro Arg—Pro
Протеаза из St. aureus
рН 4,0 рН 7,8
Glu—X Asp—Leu
Y—Pro
3. Лизин-специфическая протеаза
pH 8,0 X—Lys
4. Клострипаин
pH 7,7 Arg—X Lys—X
5. Тромбин рН 8,0
Arg—X
X=Gly, Ala, Val, Arg, Asp, His, Cys
6. Протеаза из подчелюстной железы мышей рН 7,5-8,0
Arg—X Arg—Val Arg—Arg
Протеаза из почек ягненка
pH 7,5-8,0 Pro—X Pro—Pro

НИЗКАЯ СПЕЦИФИЧНОСТЬ
1. Химотрипсин pH 7,8-9,0
Tyr—X Phe—X Trp—X
Leu—X Met—X His—X с меньшей скоростью;
X—Pro
Термолизин рН 7,0-9,0
X—Ile X—Leu X—Val
X—Phe X—Tyr X—Trp
X—Ala X—Met
X—Y—Pro
Пепсин pH 2,0
связи ароматических и объемных алифатических аминокислот, Glu
Папаин pH 5,0-7,5
широкая специфичность
5. Эластаза рН 7,0-9,0
Ser—X Gly—X
Ala—X Val—X Leu—X

Слайд 20

ХИМОТРИПСИН ТЕРМОЛИЗИН pH 7,8 – 9,0 С МЕНЬШЕЙ СКОРОСТЬЮ pH 7,0 – 9,0 С МЕНЬШЕЙ СКОРОСТЬЮ

ХИМОТРИПСИН

ТЕРМОЛИЗИН

pH 7,8 – 9,0

С МЕНЬШЕЙ СКОРОСТЬЮ

pH 7,0 – 9,0

С МЕНЬШЕЙ СКОРОСТЬЮ

Слайд 21

ЛИЗИН-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ ПРОТЕАЗА ИЗ Armillaria mellea pH 8,0 ЭНДОПРОТЕИНАЗА Lys-C ИЗ Lysobacter

ЛИЗИН-СПЕЦИФИЧЕСКАЯ
ПРОТЕАЗА ИЗ Armillaria mellea

pH 8,0

ЭНДОПРОТЕИНАЗА Lys-C ИЗ
Lysobacter ensymogenes

КЛОСТРИПАИН
ИЗ Clostridium histolyticum

pH

7,7

pH 7,7

ЭНДОПРОТЕИНАЗА Arg-C ИЗ
подчелюстной железы мыши

pH 7,5 – 8,0