Исходя из принципа централизации прокурорского надзора, то есть подчиненности нижестоящих прокуроров
вышестоящим, а всех прокуроров – Генеральному прокурору РФ, структура управления органов прокуратуры (состоящая из прокуратуры городов и районов, прокуратуре субъектов РФ и Генеральной прокуратуры РФ) является в основном трехзвенная. В некоторых специализированных прокуратурах (на правах областных) природоохранных, войсковых частей организационная структура, как правило, двухзвенная.
Функциональная организационная структура в отличие от линейной состоит из органов и подразделений, которые специализируются на определенных видах деятельности, выполняют обособленные функции. К числу таких структур относятся природоохранные и другие прокуратуры, деятельность которых ограничивается специальными объектами или отдельными отраслями прокурорского надзора