Содержание
- 2. Next-generation sequencing Высокопроизводительное секвенирование «Агентство Химэксперт» Лаборатория для исследования древних ДНК открыта в СО РАН
- 3. Введение в высокопроизводительное секвенирование Эволюция секвенирования: от Сэнгера к NGS Ключевые понятия NGS Этапы подготовки и
- 4. Поколения секвенирования 1918 - 2013 Фредерик Сэнгер
- 5. Поколения секвенирования I поколение метод Сэнгера
- 6. II поколение Next-generation sequencing Поколения секвенирования Позволяет определять нуклеотидную последовательность принципиально большей общей протяженности за один
- 7. определение нуклеотидной последовательности ДНК, основанная на параллельном «чтении» перекрывающихся фрагментов исходной молекулы. Next-generation sequencing секвенирование нового
- 8. Эволюция секвенирования A decade's perspective on DNA sequencing technology. ER Mardis - Nature, 2011
- 9. Секвенирование отдельных генов или наборов генов Массовое секвенирование ампликонов Секвенирование транскриптомов Секвенирование экзомов Полногеномное секвенирование Технология
- 10. NGS. Общий принцип Высокопроизводительное секвенирование и его применение. Коростин Дмитрий d.korostin@gmail.com ИОГен РАН ДНК нарезается на
- 11. NGS http://gcat.davidson.edu/phast/
- 12. NGS http://gcat.davidson.edu/phast/
- 13. NGS http://gcat.davidson.edu/phast/
- 14. Что такое покрытие (coverage) Как собрать геном de novo из коротких чтений? Практические советы. Науменко С.А.
- 15. de novo сборка генома Circos plot of a bacterial genome assembly. Comparison between a german E.
- 16. Пример контига, собранного по данным Torrent Data в программе MIRA
- 17. Что такое покрытие? Среднее количество прочтений, содержащих данный нуклеотид в реконструированной последовательности Позволяет оценить % покрытия
- 18. Что такое N50 Large-scale Sequencing and Assembly of Cereal Genomes Using Blacklight Philip Blood
- 19. Что такое N50 Как собрать геном de novo из коротких чтений? Практические советы. Науменко С.А. http://www.discoveryandinnovation.com/BIOL202/notes/lecture25.html
- 20. N50 – это длина контига, при которой контиги такой же или большей длины составляют 50% всех
- 21. Ключевые параметры de novo сборки
- 22. Рабочий процесс NGS
- 23. Приготовление библиотеки Подготовка матрицы Секвенирование Анализ данных Основные этапы секвенирования
- 24. Приготовление библиотеки Источники ДНК для приготовления библиотек: геномная ДНК (Whole genome); часть геномной ДНК (Targeted Enrichment);
- 25. Система Ion OneTouch 2 Эмульсионная ПЦР и автоматизированная система обогащения на магнитных частицах Подготовка матрицы
- 26. Амплификация библиотеки Восстановление и обогащение сфер Загрузка чипа Станция Ion Chef Подготовка матрицы
- 27. ─ регистрация локального изменения рН на полупроводниковом микрочипе при последовательном удлинении олигонуклеотидной затравки ДНК-полимеразой Секвенирование
- 28. Секвенирование Ion 314™ Ion 316™ Ion 318™ PI™
- 29. Ion чип
- 30. Детекция на чипе в реальном времени 1 2 3 4 5 дНТФ последовательно подаются один за
- 31. Читается слева – направо и по высоте Высота говорит о том, сколько нуклеотидов инкорпорирует во время
- 32. Программное обеспечение Torrent Suite Программа для запуска и настройки хода секвенирования. Простые опции для показа метрики
- 33. Tools for mapping high-throughput sequencing data Nuno A. Fonseca, Johan Rung, Alvis Brazma, John C. Marioni.
- 34. 1000 Genomes Project: поиск геномных вариаций в ~20 популяциях PGP: personal genome project, изучение вклада наследственности
- 35. Сиквенс и ресиквенс микроорганизмы / малые геномы: самый эффективный подход большие геномы: ресиквенс с анализом небольших
- 36. Полнота анализа все типы РНК: кодирующие последовательности, малые некодирующие РНК, антисенс-транскрипция и т.д. чувствительность: при адекватной
- 37. Сравнение геномов разных видов позволяет выявить функциональные элементы генома связать эволюционные нововведения с появлением в геноме
- 38. Микробиология выявление патогенов: холера на Гавайях, токсичная E.coli в Германии анализ симбиотических организмов: микробиом Предрасположенность к
- 39. Проекты по сиквенсу разных типов опухолей спектр мутагенеза, «завершить» список онкогенов тестирование лекарств на клеточных линиях
- 41. Скачать презентацию