Применение ПЦР в выявлении животных-носителей вредных рецессивных мутаций

генном уровне.
Общая частота генных болезней в популяциях людей – 2 - 4%.
В настоящее время описано более 5 тысяч таких наследственных болезней.

(cиндром недостаточности энзим- системы уридин-монофосфатазы, ген UMPS)
BC (цитрулинемия, ген ASS)
FXID (дефицит фактора XI, ген FXI)
BY (брахиспина, ген FANCI)
HCD (синдром недостатка холестерина, 2015)
ECR F18 (гена рецептора E. coli F18)
Гаплотипы HH1( ген APAF1, 5 хромосома), HH2 (ген не найден, 1 хромосома), HH3 (ген SMC2, 8 хромосома), HH4 (ген GART, 1 хромосома), HH5 (ген не найден, 9 хромосома)

рогатого скота было впервые описано в 1983 году под названием "гранулоцитарный синдром"
Причина - точечная мутация в кодирующей части аутосомного гена CD18. Этот ген контролирует синтез гликопротеида B-интегрина, играющего ключевую роль в миграции нейтрофилов к очагу воспаления.

замене последовательности соответствующей белковой молекулы (аспарагиновая кислота - глицин). Эта мутация ведет к исчезновению сайта рестрикции для рестриктазы TaqI. Фенотипически мутация проявляется только у гомозиготных животных, которые гибнут в первые месяцы развития.
В Россию BLAD был завезен вместе с потомками Айвенго Белла.
По нашим данным частота встречаемости мутации сейчас в племенных хозяйствах России 1-2%

стоматита, пневмонии, бактериальных энтеритов, сопровождающихся нейтрофилией и ранннм летальным исходом.

мкл, содержащем 1-2 ед. Taq - полимеразы (Силекс М), по 0,25 mМ каждого dNTP, 67 mМ трис -HCl pH 8,6, 2,5 mM MgCl2, 16,6 mM NH4OH . по 0,5 мкм каждого праймера и 100-150 нг ДНК. Программа включала в себя первоначальную денатурацию (95 С, 1 мин), 40 циклов, состоящих из следующих повторяющихся друг за другом этапов - денатурация - 95 С, 1 мин, отжиг праймеров - 62 С, 1 мин, синтез - 72 С, 1 мин; финальный синтез - 72 С, 5 мин. Полученный амплификат для определения BLAD резали при помощи 3-4 ед. рестриктазы TaqI (Fermentas) при температуре 56 С в течении 2 часов. Полученную и обработанную рестриктазы ДНК подвергали электрофорезу 2% агарозном геле, и анализировали на трансилюминаторе при УФ-свете.

10 11 12 13
Результаты ПЦР при аттестации быков на носительство генетического дефекта BLAD.
2, 3, 4, 9-13 - норма;
1, 5, 6, 7 - носители мутации BLAD;
8 – гомозиготный носитель мутации BLAD;
M – маркер pUC19 DNA/MspI;
справа показана длина рестрикционных фрагментов.

(мутация) был обнаружен у голштинского скота в Дании и описан в 2001г.
Мутация получила распространение в России через выдающихся потомков Айвенго Белла.
Причина - G/T мутация гена SLC35A3 в позиции 559.

выражается в появлении абортов, мертворожденных плодов, уродств, укороченной шейной и грудной части позвоночного столба. CVM - летальная рецессивная мутация, распространенная у голштинского скота.
Является серьезной проблемой воспроизводства, особенно у высокопродуктивных животных.
Наносит существенный экономический урон, в некоторых хозяйствах частота встречаемости достигает 10%.

Bos taurus solute carrier family 35 member 3 (slc35a3) gene, complete cds. ACCESSION AY160683 VERSION AY160683.1 GI:37725000 KEYWORDS . SOURCE Bos taurus (cattle) ORGANISM Bos taurus Eukaryota; Metazoa; Chordata; Craniata; Vertebrata; Euteleostomi; Mammalia; Eutheria; Laurasiatheria; Cetartiodactyla; Ruminantia; Pecora; Bovidae; Bovinae; Bos. REFERENCE 1 (bases 1 to 22404) AUTHORS Thomsen,B., Horn,P., Panitz,F., Bendixen,E., Petersen,A.H., Holm,L.E., Nielsen,V.H., Agerholm,J.S., Arnbjerg,J. and Bendixen,C. TITLE A missense mutation in the bovine SLC35A3 gene, encoding a UDP-N-acetylglucosamine transporter, causes complex vertebral malformation JOURNAL Genome Res. 16 (1), 97-105 (2006) PUBMED 16344554 REFERENCE 2 (bases 1 to 22404) AUTHORS Thomsen,B., Horn,P., Panitz,F., Bendixen,E., Petersen,A.H., Holm,L.E., Nielsen,V.H., Agerholm,J.S. and Bendixen,C. TITLE Direct Submission JOURNAL Submitted (09-OCT-2002) Animal Breeding and Genetics, Danish Institute of Agricultural Sciences, Blichers Alle 2, Tjele 8830, Denmark FEATURES Location/Qualifiers source 1..22404 /organism="Bos taurus" /mol_type="genomic DNA" /db_xref="taxon:9913" /clone="slc35a3" gene <3384..>18276 /gene="slc35a3" mRNA join(<3384..3570,7472..7626,7700..7822,9799..9970, 10906..11024,12667..12800,18186..>18276) /gene="slc35a3" /product="solute carrier family 35 member 3" CDS join(3384..3570,7472..7626,7700..7822,9799..9970, 10906..11024,12667..12800,18186..18276) /gene="slc35a3" /note="SLC35A3; UDP-N-acetylglucosamine transporter" /codon_start=1 /product="solute carrier family 35 member 3" /protein_id="AAO22138.1" /db_xref="GI:37725001" /translation="MSANLKYLSLGILVFQTTSLVLTMRYSRTLKEEGPRYLSSTAVV VAELLKIMACILLVYKDSKCSLRALNRILHDEILNKPMETLKLAIPSGIYTLQNNLLY VALSNLDAATYQVTYQLKILTTALFSVSMLSKKLGVYQWLSLVILMTGVAFVQWPSDS QELNSKELSAGSQFVGLMAVLTACFSSGFAGVYFEKILKETKQSVWIRNIQLGFFGSI FGLMGVYVYDGELVSKNGFFQGYNRLTWIVVVLQALGGLVIAAVIKYADNILKGFATS LSIILSTLISYFWLQDFVPTSVFFLGAILVITATFLYGYDPKPAGNPTKA"
ORIGIN 1 tgtttttcga taatccagcg gatgttggca atttgatctc tggttcctct gccttttcta 61 aaactagctt gaacatctgg aagttcactg ttcacgtact gctgaagcct ggcatggaga 121 attttgagca ttacattact agcctgtgct gctgctgctg ctaagtcgct tcagtcgtgt 181 ccaactctgt gcaaccccat agatggcagc ccaccaggct cccccgtccc tgggattctc 241 caggcaagaa cactggagtg ggttgccatt tccttctcca atgcatgaaa gtaaaaagtg 301 aaagtgaagt cactcagtca tgtccgactc ttagcgaccc catggactgc agcctaccag 361 gctcctccat ccatgggatt ttccaggcaa gagtactgga gtggggtgcc attgccttct 421 gcgtactggc tgtgagatga gtgcagttgt gcgtaatttg agcattcttt ggcattgctt 481 ttctttagga ttggaatgaa aactgaccct ttccagtcct gtggcccctg cagagtttta 541 gttgtacaga ataaacaaaa gagtttctta accagatttg aaataatttt gtaacatttt 601 ccgggaaaat caaatgcctt tgccaaatgt agattgctgg caacttattc tccttttata 661 cagagataaa aggccaccag gaagtctttt gaaattttac agtagcatgt aatgggatct 721 agagaacttg atacttgact tcataactgc tatttccaat tagtagttat aaggccttga 781 agaagtcatc taacttctct gttcactgtt ttctttattg taagaggaat agattgtact 841 ggatgatttc taaaacattt tccacctcta aaatgctaca gttttatttc acattaggat 901 tcttttgctc acacagatct ataagtatga gatagatggg tgataaagtg gttgtaccac 961 tttaattccc actagcaaaa ttgagagttc ttttcacttt aaaccctctt caacacttgg 1021 tagcatcagt ttttaagatt tcatctgttc tcgtaggtat ataatgttat ctcattgtgg 1081 atttaatttg tatttctcta atgactgtga tattgaacat tttttcgtgg gcatattagc 1141 cattttatct tttgttggtg aaatgtttat caaatctttt gtccattttc atttgggtaa 1201 tttttttcta ctcattgtgt tataagagtt ctatatacat tctagataca aggccatggt 1261 cagatttttg tattgagaat attttccccc atgatgtggt ttgcctttca ttatttttac 1321 agtatcttca gaagagcaga tttaaacttt gacaatgtcc actttttcca tatttctctt 1381 ttgtggtttg tgcgttttgt aagaaatgtg gatatgattt tctcctatgt ttttaccctg 1441 aatatttata tttttagctt ttataacagc tctatttcta gttaatattt ggcacgaggc 1501 agataaatag tggttcgttt aaaaaattac agatagctca ttgtttcaga attatttgtt 1561 aaaaagacta tgctttcttt ttggtacctt tgtcaaaatt atttgaccaa atatgtatag 1621 gtcttgttct ggaattcatt ctgttccatt gatctattct tctgtcctta tgttaataac 1681 agtctatttc tagagcttta tagtgagtct ggaatttcag tagtttaacc ccttccagtt 1741 tatttttcct tttcaaaatc cttttggttg tccaggtcct ttgtattttc ctataaattt 1801 tcaaatcagt ttgttagttt ctaccaaaaa aaaaaccctt cagggattct tttttttttt 1861 ttttttttga gattgaatct ttagatgaat ttgaagcaaa gatgtggctt ggggcagaga 1921 ggcagttgac tgaccatgca cactacatta agtccttcct tgaaggagga tcttagtggg

ПЦР продуктов. Замена G (дикий тип аллели) на T (CVM-аллель) приводит при использовании праймеров
F 5’- CACAAT TTGTAGGTCTCACTGGA,
R5’- CGATGA AAAAGGAACCAA AAGGG
к исчезновению сайта для рестриктазы PstI и появлению сайта для рестриктазы EcoT22.
II. Для ускорения анализа на большом поголовье животных, нами были использованы аллель-специфичные праймеры для выявления точечной мутации CVM:
F1 5’- CACAATTTGTAGGTCTCACTGGAT
F2 5’- CACAATTTGTAGGTCTCACTGGAG
R 5’- CGATGAAAAAGGAACCAAAAGGG

аутосомно-рецессивный признак. Проявляется только в гомозиготном состоянии.
Причина - точечная мутация в кодирующей части этого гена уридинмонофосфатсинтетазы, а точка мутации обозначена как R405Stop. Эта мутация ведет к исчезновению одного сайта рестрикции для рестриктазы AvaI.
Проявляется в виде гибели эмбрионов после 40 дней эмбрионального развития.

содержащем 1-2 ед. Taq - полимеразы (Силекс М), по 0,25 mМ каждого dNTP, 67 mМ трис -HCl pH 8,6, 2,5 mM MgCl2, 16,6 mM NH4OH . по 0,5 мкм каждого праймера и 100-150 нг ДНК. Программа включала в себя первоначальную денатурацию (95 С, 1 мин), 40 циклов, состоящих из следующих повторяющихся друг за другом этапов - денатурация - 95 С, 1 мин, отжиг праймеров - 62 С, 1 мин, синтез - 72 С, 1 мин; финальный синтез - 72 С, 5 мин. Полученный амплификат для определения BLAD резали при помощи 3-4 ед. рестриктазы TaqI (Fermentas) при температуре 56 С в течении 2 часов. Полученную и обработанную рестриктазой ДНК подвергали электрофорезу 2% агарозном геле, и анализировали на трансилюминаторе при УФ-свете.

DUMS

сцепленным с геном альфа-1-фукозилтрансферазы (FUT1). Наличие точковой мутации гена FUT1 (A→G в позиции 307) делает возможным проведение косвенной диагностики полиморфизма гена ECR F18 / FUT1
Считают, что выявленный полиморфизм может служить причиной устойчивости или чувствительности свиней к колибактериозу.

аллеля G гена ECR F18/FUT1.

мы использовали праймеры для Реал-Тайм ПЦР, имеющие следующую последовательность:
F–5'– AGCTGGCACAATTTGTAGGT -3'
R -5'-CTCAAAGTAAACCCCAGCAAAGC-3'
и меченые:
F – VIC - 5'- TCATGGCAGTTCTCA – 3'
R – FAM - 5'-TCATGGCATTTCTCA-3'.
Для Real-Time PCR SNPs диагностики точечной мутации BLAD использовали праймеры для Реал-Тайм ПЦР, имеющие следующую последовательность:
F–5'–CAGTTGCGTTCAATGTGACCTT -3'
R-5'-GAGTAGGAGAGGTCCATCAGGTA-3'
и меченые:
F – VIC - 5'-CCCCATCGACCTGTAC – 3' и R – FAM - 5'- CCCATCGGCCTGTAC-3'. Праймеры для генотипирования и меченые зонды VIC, FAM праймеры были синтезированы – компанией Applied Biosystems (США). В первую очередь нормализовали концентрацию образцов ДНК путем разбавления ТЕ буфером до конечной концентрации 20-40 нг/мкл. Компоненты Real-Time PCR: 1. TaqMan Genotyping Master Mix (40 × набор для генотипирования) – 12,5 мкл 2. Прямые и обратные праймеры - 0,625 мкл 3. ДНК – 1,0 мкл 4. H2O - бидистиллированаая – 10,8 мкл.

CFTR
Наследуется по аутосомно-рецессивному типу.

shaped instead of round and cannot carry enough oxygen to the body tissues – heterozygous condition protects people from malaria

broken down and as it builds up it causes mental retardation – newborns are tested for this

Dominant gene mutations:
Huntington’s disease – gradual deterioration of brain tissue, shows up in middle age and is fatal
Dwarfism – variety of skeletal abnormalities