Репликация фагов. Прокариоты

Июль 30, 2022

Главная
Медицина
Репликация фагов. Прокариоты

Содержание

5. РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7 -) линейная дцДНК; -) ~40 тпн; -) 55 белков; -) головка 55 нм,
6. РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7
7. РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7 Репликация идет по двум цепям. Обе цепи синтезируются прерывисто.
10. РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7, реплисома [Kulczyk AW, Richardson CC. The Replication System of Bacteriophage T7. Enzymes. 2016;39:89-136]
11. [Kulczyk AW, Richardson CC. The Replication System of Bacteriophage T7. Enzymes. 2016;39:89-136] РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7, отстающая
12. РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4 -) линейная дцДНК; -) ~170 тпн; -) 289 белков; -) 90*200 нм; -)
13. РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4 gp32 [Shamoo Y., Friedman A.M., Parsons M.R., Konigsberg W.H., Steitz T.A. Crystal structure
14. SSB E.coli Pdb 1eqq [Matsumoto T, Morimoto Y, Shibata N, Kinebuchi T, Shimamoto N, Tsukihara T,
15. [Raghunathan S, Kozlov AG, Lohman TM, Waksman G. Structure of the DNA binding domain of E.
16. ГЕЛИКАЗЫ 1976 - Открытие и выделение ДНК-геликазы E.Coli [Abdel-Monem M, Dürwald H, Hoffmann-Berling H. Enzymic unwinding
17. ГЕЛИКАЗЫ [Trakselis MA. Structural Mechanisms of Hexameric Helicase Loading, Assembly, and Unwinding. F1000Res. 2016;5. pii: F1000
21. ТОПОИЗОМЕРАЗЫ: гираза E.coli [Scott Classen, Stephane Olland, and James M. Berger Structure of the topoisomerase II
24. РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: инициация
25. РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: элонгация
27. РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: термициация 10 Ter-сайтов, 23 пн, TerA, …, TerJ Tus - terminus utilization substance
31. РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: регуляция [Biochemistry, Genetics and Molecular Biology "The Mechanisms of DNA Replication", book edited by
32. РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: регуляция [Biochemistry, Genetics and Molecular Biology "The Mechanisms of DNA Replication", book edited by
34. Скачать презентацию

Слайд 2

Слайд 3

Слайд 4

Слайд 5

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7
-) линейная дцДНК;
-) ~40 тпн;
-) 55 белков;
-) головка 55

нм, хвост 19*28.5 нм;
-) литический вирус – 100 вирусных частиц;
-) 17 мин при 37°С (11-30 мин);
-) скорость размножения 1013 / час;
-) наличие концевых повторов – 160 нт.

[Demerec, M., Fano, U. Bacteriophage-Resistant Mutants in Escherichia Coli. Genetics. 1945, 30(2):119–136]
[Dunn, J. J.; Studier, F. W. Complete nucleotide sequence of bacteriophage T7 DNA and the locations of T7 genetic elements. Journal of Molecular Biology. 1983, 166(4): 77–535]

Слайд 6

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7

Слайд 7

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7
Репликация идет по двум цепям. Обе цепи синтезируются прерывисто.

Слайд 8

Слайд 9

Слайд 10

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7, реплисома
[Kulczyk AW, Richardson CC. The Replication System of

Bacteriophage T7. Enzymes. 2016;39:89-136]

25.7 kDa
C-end 26 ак

Слайд 11

[Kulczyk AW, Richardson CC. The Replication System of Bacteriophage T7. Enzymes.

2016;39:89-136]

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7, отстающая цепь

Слайд 12

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4
-) линейная дцДНК;
-) ~170 тпн;
-) 289 белков;
-) 90*200 нм;
-)

литический вирус – 100 -150 частиц;
-) 30 мин при 37°С :
синтез белков к 5мин;
репликация ("хвост-к-хвосту") к 10 мин;
сборка новых частиц к 12 мин;
-) наличие концевых повторов.

Брюс Альбертс, конец 1960-х гг. Идентификация гена 1979 г.

Слайд 13

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4 gp32
[Shamoo Y., Friedman A.M., Parsons M.R., Konigsberg W.H.,

Steitz T.A. Crystal structure of a replication fork single-stranded DNA binding protein (T4 gp32) complexed to DNA. Nature. 1995. 376, 362-6]

OB-fold, oligonucleotide/oligosaccharide-binding
Zn-finger

Kd (dsDNA)/ Kd (ssDNA) = 104

301 ак
33.5 kDa

Слайд 14

SSB E.coli
Pdb 1eqq
[Matsumoto T, Morimoto Y, Shibata N, Kinebuchi T, Shimamoto

N, Tsukihara T, Yasuoka N. Roles of functional loops and the C-terminal segment of a single-stranded DNA binding protein elucidated by X-Ray structure analysis. J. Biochem. 2000. 127 329-35]

178 ак
19 kDa

C-конец (173-178):
б/б взаимодействия

Слайд 15

[Raghunathan S, Kozlov AG, Lohman TM, Waksman G. Structure of the

DNA binding domain of E. coli SSB bound to ssDNA. Nat Struct Biol. 2000. 7(8):648-52]

SSB35

178 ак
19 kDa

SSB65

SSB E.coli: кооперативность

Слайд 16

ГЕЛИКАЗЫ
1976 - Открытие и выделение ДНК-геликазы E.Coli [Abdel-Monem M, Dürwald H,

Hoffmann-Berling H. Enzymic unwinding of DNA. 2. Chain separation by an ATP-dependent DNA unwinding enzyme. Eur. J. Biochem. 1976. 65 (2):441–9].
1978 г. - Открытие первых эукариотических ДНК-геликаз ДНК, выделенных из лилий.
1982 – Белок 41 гена Т4 - первой ДНК-геликаза бактериофага.
1985 - Первые ДНК-геликазы млекопитающих, выделенные из тимуса теленка.
1986 - Большой опухолевый антиген SV40 - первая вирусная ДНК-геликаза.
1986 - ATPaseIII, дрожжевой белок.
1990 - Выделение человеческой ДНК-геликазы ДНК [Tuteja N, Tuteja R, Rahman K, Kang LY, Falaschi Aю A DNA helicase from human cells. Nucleic Acids Res. 1990. 18 (23):6785–92].
1992 г. - Выделение митохондриальной ДНК-геликазы (из головного мозга КРС).
2002 г. - Изоляция и характеристика первой биохимически активной малярийной паразитной ДНК-геликазы Plasmodium cynomolgi.

Слайд 17

ГЕЛИКАЗЫ
[Trakselis MA. Structural Mechanisms of Hexameric Helicase Loading, Assembly, and Unwinding.

F1000Res. 2016;5. pii: F1000 Faculty Rev-111]

E.coli - 14 ферментов
Бактериофаги – 6
Вирусы - 12,
Дрожжи – 15
Растения – 8

Клетки тимуса теленка - выделено 11
Клетки человека выделено 25
Около 1% генов эукариот кодируют геликазы
Геном человека кодирует 95 не-избыточных геликаз:
64 РНК-геликазы и 31 ДНК-геликазу

Слайд 18

Слайд 19

Слайд 20

Слайд 21

ТОПОИЗОМЕРАЗЫ: гираза E.coli
[Scott Classen, Stephane Olland, and James M. Berger Structure

of the topoisomerase II ATPase region and its mechanism of inhibition by the chemotherapeutic agent ICRF-187. 2003. PNAS. 100:10629-10634]

21 нт 5'-RNNNRNNRTGRYCTYNYNGNY-3'
R – пурины, Y – пиримидины, N - любой

45-50 сайтов → 10000 сайтов

100 супервитков/мин

Слайд 22

Слайд 23

Слайд 24

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: инициация

Слайд 25

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: элонгация

Слайд 26

Слайд 27

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: термициация
10 Ter-сайтов, 23 пн, TerA, …, TerJ
Tus - terminus

utilization substance

Слайд 28

Слайд 29

Слайд 30

Слайд 31

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: регуляция
[Biochemistry, Genetics and Molecular Biology "The Mechanisms of DNA

Replication", book edited by David Stuart, ISBN 978-953-51-0991-4, Published: February 20, 2013 under CC BY 3.0 license. © The Author(s).
Chapter 12. Roles of Methylation and Sequestration in the Mechanisms of DNA Replication in some Members of the Enterobacteriaceae Family. Amine Aloui, Alya El May, Saloua Kouass Sahbani and Ahmed Landoulsi]

11 сайтов
6N-A

Слайд 32

Репликация фагов. Прокариоты

Содержание

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7-) линейная дцДНК;-) ~40 тпн;-) 55 белков;-) головка 55

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7Репликация идет по двум цепям. Обе цепи синтезируются прерывисто.

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7, реплисома[Kulczyk AW, Richardson CC. The Replication System of

[Kulczyk AW, Richardson CC. The Replication System of Bacteriophage T7. Enzymes.

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4-) линейная дцДНК;-) ~170 тпн;-) 289 белков;-) 90*200 нм;-)

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4 gp32[Shamoo Y., Friedman A.M., Parsons M.R., Konigsberg W.H.,

SSB E.coliPdb 1eqq[Matsumoto T, Morimoto Y, Shibata N, Kinebuchi T, Shimamoto

[Raghunathan S, Kozlov AG, Lohman TM, Waksman G. Structure of the

ГЕЛИКАЗЫ1976 - Открытие и выделение ДНК-геликазы E.Coli [Abdel-Monem M, Dürwald H,

ГЕЛИКАЗЫ[Trakselis MA. Structural Mechanisms of Hexameric Helicase Loading, Assembly, and Unwinding.

ТОПОИЗОМЕРАЗЫ: гираза E.coli[Scott Classen, Stephane Olland, and James M. Berger Structure

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: инициация

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: элонгация

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: термициация10 Ter-сайтов, 23 пн, TerA, …, TerJTus - terminus

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: регуляция[Biochemistry, Genetics and Molecular Biology "The Mechanisms of DNA

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: регуляция[Biochemistry, Genetics and Molecular Biology "The Mechanisms of DNA

Похожие презентации

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7
-) линейная дцДНК;
-) ~40 тпн;
-) 55 белков;
-) головка 55

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7
Репликация идет по двум цепям. Обе цепи синтезируются прерывисто.

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т7, реплисома
[Kulczyk AW, Richardson CC. The Replication System of

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4
-) линейная дцДНК;
-) ~170 тпн;
-) 289 белков;
-) 90*200 нм;
-)

РЕПЛИКАЦИЯ ФАГОВ: Т4 gp32
[Shamoo Y., Friedman A.M., Parsons M.R., Konigsberg W.H.,

SSB E.coli
Pdb 1eqq
[Matsumoto T, Morimoto Y, Shibata N, Kinebuchi T, Shimamoto

ГЕЛИКАЗЫ
1976 - Открытие и выделение ДНК-геликазы E.Coli [Abdel-Monem M, Dürwald H,

ГЕЛИКАЗЫ
[Trakselis MA. Structural Mechanisms of Hexameric Helicase Loading, Assembly, and Unwinding.

ТОПОИЗОМЕРАЗЫ: гираза E.coli
[Scott Classen, Stephane Olland, and James M. Berger Structure

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: термициация
10 Ter-сайтов, 23 пн, TerA, …, TerJ
Tus - terminus

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: регуляция
[Biochemistry, Genetics and Molecular Biology "The Mechanisms of DNA

РЕПЛИКАЦИЯ E.coli: регуляция
[Biochemistry, Genetics and Molecular Biology "The Mechanisms of DNA